数据集概述
本数据集围绕新西兰竹节虫属（Micrarchus）开展，包含高山与低地物种对低温胁迫的转录响应及种群遗传结构数据。通过RNA-Seq、qPCR技术分析低温诱导的差异表达基因，结合线粒体DNA、核糖体DNA及SNP数据探究种群遗传背景对基因表达的影响，揭示低温适应的分子机制与种群分化特征。
文件详解
- 转录组注释文件
- 文件名称：Sewell_Annotated.fasta、Paengaroa_Annotated.fasta、Arthur_Annotated.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含低温胁迫处理后不同种群竹节虫的转录组注释序列，记录基因ID、序列信息及功能注释（推测）
- 系统发育树文件
- 文件名称：mtDNA_Bayes.tre、28S_Bayes.tre
- 文件格式：TRE
- 字段映射介绍：基于线粒体DNA和核28S核糖体DNA构建的贝叶斯系统发育树，反映种群间的进化关系与分支支持度
- 基因表达数据文件
- 文件名称：Micrarchus_raw_qPCR_data.xlsx、Micrarchus_Differential_Expression_Results.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含qPCR原始数据及差异表达分析结果，记录基因表达量、差异倍数、显著性水平等指标
- 序列比对文件
- 文件名称：CO.nex、28S.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：线粒体CO基因和核28S核糖体DNA的多序列比对数据，用于系统发育分析
- SNP数据文件
- 文件名称：Micrarchus_SNP_data.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：转录组水平的单核苷酸多态性（SNP）数据，记录种群内及种群间的基因变异位点
数据来源
论文“Data from: Divergent transcriptional responses to low temperature among populations of alpine and lowland species of New Zealand stick insects (Micrarchus)”
适用场景
- 低温适应分子机制研究：分析高山与低地竹节虫的差异表达基因，探究低温胁迫下的转录调控网络
- 种群遗传结构分析：利用线粒体DNA、核糖体DNA及SNP数据，解析竹节虫种群的系统发育关系与遗传分化
- 环境适应性进化研究：结合转录组与遗传数据，揭示地理隔离与局部适应对基因表达变异的影响
- 分子标记开发：从SNP数据中筛选种群特异性标记，用于物种鉴定与种群遗传多样性评估
