数据集概述
本数据集包含三种脊椎动物(湖鲟、虎纹钝口螈、荒漠更格卢鼠)转录组的微卫星分析结果,涵盖转录组组装统计、微卫星分布及多态性评估等核心内容,是研究脊椎动物表达基因中微卫星分布的比较数据集,共含16个文件。
文件详解
- 文档类文件(.txt格式,7个)
- 名称:README_for_singleton msatcommander output.txt、README_for_microsatellite variability.txt、README_for_contig msatcommander output.txt、README_for_assembly summary statistics.txt、salskin.txt、salspleen.txt、salgill.txt
- 内容:含分析说明文档及序列预览,如salskin.txt包含Contig序列信息
- 序列类文件(.fasta格式,5个)
- 名称:sallung.fasta、female_contigs.fasta、male_contigs.fasta(其余2个未明确名称)
- 内容:存储转录组组装的Contig序列数据
- 数据类文件(.xlsx格式,4个)
- 名称:assembly summary statistics.xlsx、contig msatcommander output.xlsx、microsatellite variability.xlsx、singleton msatcommander output.xlsx
- 字段:含组装统计(序列读长、Contig数量等)、微卫星分析结果(所在Contig、重复基序、长度等)、多态性统计(单态/多态微卫星数量)等字段
数据来源
标题为“Data from: Microsatellite analyses across three diverse vertebrate transcriptomes (Acipenser fulvescens, Ambystoma tigrinum, and Dipodomys spectabilis)”的数据集
适用场景
- 基因组学研究: 分析三种脊椎动物转录组中微卫星的分布特征与规律
- 微卫星多态性评估: 基于多态性数据研究脊椎动物微卫星的遗传变异
- 转录组组装分析: 利用组装统计数据研究不同脊椎动物转录组的结构特点
- 进化生物学研究: 比较不同脊椎动物表达基因中微卫星的进化差异