数据集概述
本数据集包含植物物种Mimulus guttatus（猴面花）单一自然种群的基因组结构变异数据，核心为1千碱基到200千碱基长度的插入缺失变异（indel）。经筛选得到4142个高置信度indel，验证率达73%，涉及近600个基因，其中NBS-LRR防御响应基因富集。数据可用于研究结构变异的等位基因频率谱、基因影响及选择作用。
文件详解
- README_for_SV_code_dryad.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含分析流程说明，指导使用Python脚本提取BWA比对中的异常映射 reads，输出Excel文件及Fastq文件用于后续分析
- SV.read.data.Supp.Table.txt.bz2
- 文件格式：TXT.bz2
- 字段映射介绍：基因组结构变异相关的测序读段数据补充表格
- Deletion_Calls.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：高置信度缺失变异（deletion）的识别结果表格
- SNP.data.Supp.Table.txt.bz2
- 文件格式：TXT.bz2
- 字段映射介绍：单核苷酸多态性（SNP）数据补充表格
- SV_code_dryad.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：基因组结构变异分析所用的Python脚本及配置文件压缩包
数据来源
论文“The standing pool of genomic structural variation in a natural population of Mimulus guttatus”
适用场景
- 进化遗传学研究：分析基因组结构变异对自然种群遗传多样性的贡献，比较结构变异与单核苷酸变异的等位基因频率谱差异
- 基因组变异与选择作用研究：探究结构变异与自然选择的相互作用，识别受纯化选择或正选择的变异位点
- 基因功能影响分析：研究结构变异对基因（如NBS-LRR防御响应基因）的影响及生物学后果
- 种群基因组学分析：为Mimulus guttatus自然种群的基因组结构变异特征提供基础数据支持
