数据集概述
本数据集包含北美西部野生家鼠（Mus musculus domesticus）适应研究相关的表型数据、基因型输入文件及分析脚本，涉及21°纬度梯度下5个种群的表型分化（体重、筑巢行为等）与基因型差异，可用于分析平行进化、选择压力响应及遗传机制，共15个文件。
文件详解
- 说明文档类
- 文件名称：Readme_AdaptationwildhousemiceWesternNA.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：数据集说明文档，包含研究背景、数据采集及文件说明等内容
- 分析脚本类
- 文件名称：gemmacode_5_27_19.txt、Gemma_annotation_code.txt、findLinkedCandidate.pl、SNP_annotation3.pl
- 文件格式：TXT、PL
- 字段映射介绍：基因型分析脚本，用于GEMMA软件运行、SNP注释及候选基因筛选
- 表型数据类
- 文件名称：Body_weight_Nesting_WestMice.csv、WestMice_Brightness_final.csv、Isolation_By_Distance_Matrix_final.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含体重、筑巢行为、亮度、地理距离矩阵等表型及环境数据
- 基因型数据类
- 文件名称：west_bodywnopreg.fam、west_bodywnopreg.bim、west_bodywnopreg.bed
- 文件格式：FAM、BIM、BED
- 字段映射介绍：家鼠基因型数据文件，包含样本信息、SNP位点及基因型数据
- 分析结果类
- 文件名称：LFMM_results_fdrcorrected.txt、west_bodyweightoutcov.assoc.txt、east_west_5eu_g8_domajorminor1_snpval1e-6_unfold-minInd80-minIndDepth3.nexus
- 文件格式：TXT、NEXUS
- 字段映射介绍：包含LFMM选择分析结果、体重关联分析结果及东西部种群SNP比对数据
适用场景
- 生物平行进化研究：分析北美东西部家鼠种群对相似选择压力的平行表型与遗传响应
- 适应性表型遗传机制研究：通过GWAS及选择扫描识别体重、筑巢行为等表型的候选基因
- 地理种群分化分析：利用地理距离矩阵及基因型数据研究种群遗传分化与隔离距离关系
- 环境适应性进化分析：结合纬度梯度表型数据，探究气候等环境因子对家鼠适应性的影响
