数据集概述
本数据集为暗色孢子黏菌（原生生物）遗传条形码研究的支撑数据，包含基于形态种桑格测序构建的数据库、环境PCR测序原始数据及分析脚本，用于评估18S SSU基因标记的物种注释效果，确定99.1%的种内序列相似性阈值，支持NGS研究中的物种分化分析。
文件详解
- 代码文件（.py格式）
- 文件名称：cau.py、cau_fastq.py
- 功能说明：用于数据处理与分析的Python脚本
- 文档文件（.txt格式）
- 文件名称：README.txt、S6_Scripts_Resubmission.txt
- 内容说明：数据集说明文档、补充分析脚本（含Usearch及R代码）
- 原始测序数据（.fastq格式）
- 文件名称：502-705_S22_L001_R2_001.fastq
- 内容说明：NGS测序原始数据
- 映射文件（.tsv格式）
- 文件名称：502705map.tsv
- 内容说明：包含引物组合、正向/反向序列模式及标签等字段
- 压缩文件（.zip格式）
- 文件名称：cau_demultiplexed_trimmed.zip、cau_demultiplexed.zip
- 内容说明：去复用及修剪后的测序数据
- 数据库文件（.fas格式）
- 文件名称：Database_MAFFT_incl_outlier_20170725.fas
- 内容说明：基于MAFFT比对的暗色孢子黏菌遗传条形码数据库
- 批处理脚本（.sh格式）
- 文件名称：post-process.sh
- 功能说明：用于后续数据处理的Shell脚本
数据来源
论文“Genetic barcoding of dark-spored myxomycetes (Amoebozoa)—Identification, evaluation and application of a sequence similarity threshold for species differentiation in NGS studies”
适用场景
- 原生生物物种鉴定研究：利用遗传条形码数据库进行暗色孢子黏菌的物种注释与分类
- 序列相似性阈值验证：评估99.1%阈值在环境PCR数据物种分化（OTU挑选）中的应用效果
- 土壤微生物群落分析：通过NGS数据解析土壤中黏菌群落结构及隐藏多样性
- 生物信息学方法优化：测试18S SSU基因标记在原生生物条形码研究中的适用性
- 环境微生物生态研究：分析土壤食物网中原生生物（黏菌）的群落组成与功能
