数据集概述
本数据集围绕南极毛皮海狮（Arctocephalus gazella）微生物组展开研究，包含不同社会密度群体、母子对的微生物群落数据及宿主遗传信息，探究环境与宿主遗传对皮肤微生物的影响，揭示两者的复杂相互作用。
文件详解
- 说明文档：
- README_for_AFSmicrobiome_SI_Rmarkdown_DatasetS3_Final_revision.txt：TXT格式，数据集说明文档
- README_for_AFSmicrobiome_SI_OTUprocessingPipelineScripts_DatasetS1.txt：TXT格式，OTU处理流程脚本说明文档
- 元数据文件：
- AFSmicrobiome_SI_Metadata_allSamples_Rinput_DatasetS11.txt：TXT格式，所有样本元数据，用于R语言输入
- 处理流程文件：
- AFSmicrobiome_SI_OTUprocessingPipelineScripts_DatasetS1.txt：TXT格式，OTU处理流程脚本
- AFSmicrobiome_SI_OTUprocessingPipelineStatistics_DatasetS2.xlsx：XLSX格式，OTU处理流程统计数据
- 微生物数据文件：
- AFSmicrobiome_SI_otuRDPclassification_Rinput_DatasetS7.sintax：sintax格式，OTU的RDP分类数据，用于R语言输入
- AFSmicrobiome_SI_otuRDPclassification_phyloseqIn_Rinput_DatasetS8.txt：TXT格式，OTU分类数据（phyloseq输入格式），包含OTU、Domain、Phylum、Class等分类字段
- AFSmicrobiome_SI_alphaDiversity_MainPhyla_Rinput_DatasetS13.txt：TXT格式，主要门水平的alpha多样性数据，用于R语言输入
- AFSmicrobiome_SI_alphaDiversityMultiRaref_Rinput_DatasetS16.txt：TXT格式，多次稀释后的alpha多样性数据，用于R语言输入
- AFSmicrobiome_SI_Categorize_by_FunctionL3_FilteredTrimmed_rarefied_Rinput_DatasetS18.txt：TXT格式，L3功能水平分类的过滤、修剪、稀释后数据，用于R语言输入
- AFSmicrobiome_SI_outgroup_pynastAligned_filtered_Rinput_DatasetS14.tre：tre格式，外群序列比对过滤后的树文件，用于R语言输入
- 遗传数据文件：
- AFSmicrobiome_SI_MicrosatelliteGenotypes50_P22removed_colnames_Rinput_DatasetS5.1.txt：TXT格式，微卫星基因型数据（移除P22样本），用于R语言输入
- 分析脚本与报告：
- AFSmicrobiome_SI_Rmarkdown_DatasetS3_Final_revision.Rmd：Rmd格式，Rmarkdown分析脚本
- AFSmicrobiome_SI_Rmarkdown_DatasetS3_Final_revision.html：HTML格式，Rmarkdown分析报告
适用场景
- 微生物生态学研究：分析环境因素对野生动物皮肤微生物群落的影响
- 宿主-微生物互作研究：探究宿主遗传质量与微生物多样性的关联
- 社会行为学研究：验证社会密度对动物微生物群落的作用机制
- 母子识别机制研究：分析母子间微生物群落相似性的功能意义
- 生物信息学方法应用：复现或扩展基于16S rRNA metabarcoding的微生物组分析流程
