数据集概述
本数据集围绕巴塔哥尼亚建群树种Nothofagus pumilio的局部适应性研究，包含6个核心文件，涵盖特定候选基因列表、探针设计信息、SNP变异数据、样本元数据及直系同源群数据。数据支持该树种适应性相关基因的注释、变异分析及样本地理信息关联，为树木遗传学研究提供基础数据。
文件详解
- Npumilio_specific_candidate_genes.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含1,789个候选基因的contig、Uniprot-TAIR编号及原始物种信息，记录基因纳入候选列表的原因（如热胁迫转录组研究中上调/下调、木材生长相关等），保留重复contig以展示原因信息。
- N_pumilio_06Nov2019_probe_coverage.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含REGION_NAME、CHROMOSOME、START、STOP、LENGTH、BASES_PROBE_COVERAGE、FRAC_PROBE_COVERAGE、BASES_ESTIMATED_COVERAGE、FRAC_ESTIMATED_COVERAGE等探针覆盖度相关字段。
- variants-gatk_haplotypecaller_SNP_raw.vcf.gz
- 文件格式：VCF.GZ
- 字段映射介绍：原始SNP变异数据，包含502个样本（496株成年树+6个重复）的所有called SNP变异。
- variants-gatk_haplotypecaller_SNP.vcf.gz
- 文件格式：VCF.GZ
- 字段映射介绍：经过粗质量过滤的SNP变异数据，为下游分析的起始数据集。
- Npumilio_IDs_vcforder_all_info.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：与VCF文件样本顺序一致的元数据，包含样本的位点名称、地理坐标及海拔信息。
- Npumilio_orthogroups.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含Orthogroup（直系同源群）、Athaliana（拟南芥TAIR编号）、Nothofagus（Nothofagus最佳匹配contig）字段，用于与直系同源群候选基因集交叉参考。
数据来源
论文“Local adaptation in the Patagonian foundation tree species Nothofagus pumilio”
适用场景
- 树木局部适应性基因分析：通过候选基因列表研究Nothofagus pumilio适应性相关基因的功能与注释。
- SNP变异分析：利用原始及过滤后的SNP数据开展群体遗传学研究，分析种群结构与遗传多样性。
- 样本地理信息关联：结合样本元数据中的地理坐标、海拔，探究遗传变异与环境因子的相关性。
- 直系同源基因功能注释：通过直系同源群数据交叉参考拟南芥基因信息，推测Nothofagus基因功能。
