数据集概述
本数据集围绕OprD蛋白唾液酸化阻碍抗生素进入的分子机制展开，包含分子动力学模拟、糖基化位点预测、结构分析等相关数据，涉及蛋白构象、通道通透性及抗生素结合等研究内容，为探究细菌耐药机制提供数据支持。
文件详解
该数据集包含35个文件，存储于同一目录下，具体类型及示例如下：
- 文档类文件：
- glycosylation site pred using netNglycserver.doc：糖基化位点预测文档
- glycosylation site pred using ensemblygly.doc：糖基化位点预测文档
- 表格类文件：
- Asn196 chi1-chi2 and phi-psi.xlsx：Asn196位点的二面角数据
- Experimental dataset for phi-psi and chi1-chi2.xlsx：二面角实验数据集
- 结构与模拟类文件：
- Simulated structure of sialylated OprD.pdb：唾液酸化OprD的模拟结构文件
- RMSF.apf：均方根波动数据文件
- RMSD.dat：均方根偏差数据文件
- 压缩包类文件：
- Experimental dataset of Phi-Psi-Omega angles of 1-6 and 2-6 glycosidc linkages.zip：糖苷键二面角实验数据集压缩包
- Close proximity of sialylated glycan to OprD.zip：唾液酸化聚糖与OprD邻近性数据压缩包
- 文本与其他类文件：
- Pops result.txt：构象种群分布结果文本
- NACCESS result.rsa：溶剂可及性分析结果文件
- Experimental dataset of b-D-GlcpNAc-(1-4)-ASN.gif：糖苷键结构实验数据图片
适用场景
- 细菌耐药机制研究：分析OprD唾液酸化对细菌耐药性的影响
- 分子动力学模拟验证：验证蛋白糖基化位点及构象变化的模拟结果
- 抗生素通道通透性分析：探究抗生素通过OprD通道的分子机制
- 药物设计辅助：为新型抗生素或耐药抑制剂的设计提供结构数据支持
- 生物信息学分析：用于蛋白结构预测、糖基化位点分析等算法验证
