数据集概述
本数据集包含椰子犀牛甲虫（Oryctes rhinoceros）生物型的种群基因组分析相关文件，覆盖172个样本的ddRAD测序数据处理、遗传结构分析、系统发育树构建等内容，用于探究其跨太平洋进化路径及抗病毒生物型的入侵机制，为该害虫的防控策略优化提供基因组学依据。
文件详解
- 代码文件（.R、.py、.txt格式，共6个）
- 种群遗传分析脚本：CRB_Pophelper_StructurePlots.R（遗传结构可视化）、CRB_RADami_LocusSharingPlots.R（位点共享分析）、CRB_ggplots2_StatsPlots.R（统计绘图）、CRB_SNPrelate_PCA.R（主成分分析）、CRB_UndefinedRemoval.R（数据清洗）、Momments_Script_Palau1xPalau2.py（种群遗传学分析）、Stacks_Script.txt（Stacks软件参数脚本）
- 测序数据组装参数文件：ipyrad_share4_params.txt、ipyrad_share35_params.txt（ipyrad软件组装参数配置）
- 文档文件（.txt格式，共3个）
- 内容：包含ipyrad测序数据组装的参数配置信息，记录assembly_name等核心参数
- 存档文件（.zip格式，共2个）
- Datasets and Alignments (Updated 9-11-18).zip：更新至2018年9月11日的数据集与序列比对文件
- Tree Files.zip：系统发育树相关文件
数据来源
论文“Transpacific coalescent pathways of coconut rhinoceros beetle biotypes: resistance to biological control catalyzes resurgence of an old pest”
适用场景
- 入侵物种进化路径研究：分析椰子犀牛甲虫生物型的跨太平洋扩散与进化模式
- 生物防治抗性机制探究：通过基因组数据解析抗病毒生物型的抗性成因
- 种群遗传结构分析：利用遗传结构、主成分分析等结果揭示种群分化特征
- 防控策略优化支持：为该害虫的检疫监测与防控策略制定提供数据支撑
- 基因组学方法应用：验证ddRAD测序及相关生物信息学分析流程在害虫研究中的适用性
