数据集概述
本数据集记录了Panicum hallii内陆品系HAL2与沿海品系FIL2杂交产生的重组自交系(RIL)群体遗传图谱构建方法,包含四百四十一株RIL个体的九百零一个标记基因型数据,原始序列可通过NCBI SRA项目PRJNA701489获取。
文件详解
- 文档文件:
- README_PHRILMap.pdf:PDF格式的说明文档,可能包含遗传图谱构建的方法、数据说明及使用指南。
- R语言数据文件:
- PHRIL2019_v2.RData:R语言数据格式文件,可能存储了遗传图谱的核心数据或分析结果。
- CSV数据文件:
- PHRIL2019_Meta.csv:包含RIL_ID、LIBID、Experiment_Accession等字段的元数据文件。
- PHRIL2019_phe.csv:包含ind、id等字段的表型数据文件。
- PHRIL2019_gen.csv:推测为基因型数据文件,具体字段需进一步查看。
数据来源
NCBI SRA archive Umbrella project PRJNA701489
适用场景
- 植物遗传学研究:用于Panicum hallii遗传图谱解析及QTL定位分析。
- 分子育种应用:为Panicum hallii品种改良提供遗传标记基础。
- 群体遗传学分析:探究内陆与沿海品系杂交群体的遗传多样性及连锁不平衡模式。
- 比较基因组学研究:与其他禾本科植物遗传图谱进行比较分析。