数据集概述
本数据集通过转录组测序获取四种雀形目Passerida鸟类的线粒体基因组蛋白编码基因序列,用于研究Passerida基部类群的系统发育关系,提出Sylvioidea与Passeroidea为姐妹群、Paridae和Muscicapidae依次为其外类群的新假设,验证转录组测序获取线粒体基因组的有效性。
文件详解
- README_for_gene.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:说明压缩包内文件类型,包括未比对核苷酸序列(.fst)、比对后氨基酸序列(.mafft.fst)、比对后核苷酸序列(*_base.fst),以及四种鸟类(corvusBrachyrhynchos、parusCaeruleus、manacusVitellinus、ficedulaHypoleuca)序列的来源为脑转录组测序。
- gene.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包内包含三种类型序列文件,对应四种Passerida鸟类的线粒体基因组相关序列数据。
数据来源
论文“Obtaining mtDNA genomes from next-generation transcriptome sequencing: a case study on the basal Passerida (Aves: Passeriformes) phylogeny”
适用场景
- 鸟类系统发育研究: 分析Passerida基部类群的演化关系,验证新的系统发育假设。
- 线粒体基因组获取方法验证: 评估转录组测序技术在获取线粒体基因组数据中的有效性和准确性。
- 分子进化分析: 基于线粒体蛋白编码基因序列,研究Passerida鸟类的分子进化速率与模式。
- 生物信息学方法应用: 探索转录组数据中提取特定基因组序列的技术流程与工具优化。