数据集概述
本数据集为孔雀及其他具眼斑类群进化研究的系统基因组学数据，包含1966个超保守元件（UCEs）和3个线粒体区域的序列分析结果，用于探究眼斑特征的同源性与进化路径，涉及孔雀属（Pavo）、孔雀雉属（Polyplectron）、大眼斑雉属（Argusianus）等类群的系统发育关系。
文件详解
- 系统发育树文件（.tre格式，共7个）
- 文件示例：MT_MrBayes_pavonine.tre、UCE_15sp_RAxML.tre、UCE_SMRT-ML.bootcons.tre等
- 内容说明：基于线粒体序列（MT）和超保守元件（UCE）数据，通过MrBayes、RAxML等方法构建的系统发育树，包含不同样本量（13种、15种）的分析结果
- 序列比对文件（.nex格式，共3个）
- 文件示例：Sun_MtUCE_alignment.nex、Sun_Mt_alignment.nex、TraitMatrix_Ocelli.nex
- 内容说明：线粒体序列、线粒体+UCE联合序列的比对文件，以及眼斑特征矩阵文件
- 脚本文件（.pl格式，1个）
- 文件名称：SMRTrax.pl
- 内容说明：用于系统发育分析的辅助脚本
- 压缩文件（.zip格式，1个）
- 文件名称：Sun_1966_UCEs.zip
- 内容说明：1966个超保守元件序列的压缩包
数据来源
论文“The evolution of peafowl and other taxa with ocelli (eyespots): a phylogenomic approach”
适用场景
- 鸟类系统发育研究：分析具眼斑类群（Pavo、Polyplectron、Argusianus）的亲缘关系与分类地位
- 性选择进化研究：探究眼斑特征的起源、进化机制及性选择压力的作用
- 同源性状验证：验证不同属间眼斑特征是否为同源性状，分析其多次独立起源或丢失的可能性
- 基因组元件分析：利用超保守元件（UCEs）数据研究鸟类基因组的保守区域与进化关系
- 生物信息学方法应用：评估MrBayes、RAxML等系统发育分析方法在鸟类基因组数据中的表现
