数据集概述
本数据集包含北美Phrynosomatid蜥蜴的系统基因组学研究数据，对比了序列捕获和双酶切RADseq（ddRADseq）两种方法在系统发育分析中的应用。数据涵盖584个保守基因座及SNP数据集，用于探究不同进化时间尺度下的系统发育关系，揭示拓扑冲突与分支长度的关联，支持耳less蜥蜴属的并系性结论。数据集包含4个文件。
文件详解
- 序列捕获数据压缩包
- 文件名称：
nexus_471complete_loci.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含471个完整基因座的Nexus格式文件，用于系统发育分析
- 序列捕获总数据压缩包
- 文件名称：
nexus.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含所有序列捕获获得的584个基因座数据
- ddRADseq数据压缩包
- 文件名称：
SNPdata_drayd.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含双酶切RADseq产生的SNP数据集
- 线粒体DNA数据文件
- 文件名称：
mtDNA.nex
- 文件格式：NEX
- 内容说明：线粒体DNA序列数据，用于系统发育分析补充
数据来源
论文“Phylogenomics of phrynosomatid lizards: conflicting signals from sequence capture versus restriction site associated DNA sequencing”
适用场景
- 系统基因组学方法比较研究：对比序列捕获与RADseq在不同进化时间尺度下的系统发育分析效果
- 蜥蜴系统发育关系分析：利用保守基因座和SNP数据探究Phrynosomatid蜥蜴的属级分类及进化历史
- 生物信息学流程敏感性评估：分析不同生物信息学步骤对RADseq数据系统发育结果的影响
- 进化形态学研究：基于系统发育树探讨耳less形态的进化起源与丢失机制
