数据集概述
本数据集为糖原分支酶与脱支酶的系统发育基因组学分析数据,涉及400余个已测序基因组(含200余个真核生物基因组)。聚焦α(1->6)糖苷键相关酶的系统发育,揭示其在生命各域的分布、从LUCA的演化历程及结构域获得情况,包含3个XML格式文件。
文件详解
- 文件名称:CBM_48__CBM_48__ee2_50_hmmalign_09_40_fme.phylo.xml
- 文件格式:XML
- 字段映射介绍:含CBM48结构域相关的系统发育分析数据,基于hmmalign比对结果构建的系统发育树信息
- 文件名称:Figure_4_CBM_48_lim2_mafft_09_40_mb_con_50_majrule_phyml_fme.phylo.xml
- 文件格式:XML
- 字段映射介绍:对应论文图4的CBM48结构域系统发育数据,基于mafft比对、MrBayes和PhyML分析的结果
- 文件名称:Figure_5_GDE_C_lim_mafft_09_40_mb_con_50_majrule_phyml_fme.phylo.xml
- 文件格式:XML
- 字段映射介绍:对应论文图5的GDE_C结构域系统发育数据,基于mafft比对、MrBayes和PhyML分析的结果
数据来源
论文“Phylogenomic analysis of glycogen branching and debranching enzymatic duo”
适用场景
- 糖原代谢酶系统发育研究: 分析分支与脱支酶在各生物界的演化关系及LUCA起源证据
- 酶结构域演化分析: 研究动物分支/脱支酶从祖先酶获得额外结构域的演化机制
- 同源基因功能注释: 区分人类GBE1与大肠杆菌glgB等同源酶的旁系同源关系
- 代谢疾病分子机制研究: 为糖原代谢酶突变导致的人类遗传病提供演化背景参考