数据集概述
本数据集围绕Australo-Papuan鼠科啮齿动物（Hydromyini亚科）的快速辐射演化展开，包含1245个独立基因座的核苷酸序列数据及多种系统基因组推断方法的结果，用于比较串联与溯祖框架下的分支支持度估计，揭示部分节点的系统发育冲突与不确定性。
文件详解
- 基因与探针设计文件
- 文件名称：Roche_probe_design_summary_files.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包）
- 字段映射介绍：包含Roche探针设计的相关汇总文件
- 文件名称：Roycroft_etal_RodentV1_exoncap_target_sequences.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：RodentV1外显子捕获的目标序列文件
- 基因比对与系统发育树文件
- 文件名称：1245_gene_alignments.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包）
- 字段映射介绍：1245个基因座的比对文件集合
- 文件名称：1245_IQtree_100standard_bs.trees
- 文件格式：TREES
- 字段映射介绍：100次标准bootstrap的IQtree系统发育树文件
- 文件名称：concatenated_alignment1366.nex.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包）
- 字段映射介绍：串联比对的NEXUS格式文件
- 补充表格文件
- 文件名称：Supplementary Table S1.xlsx、Supplementary Table S2.xlsx、Supplementary Table S3.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：研究相关的补充表格数据
- 补充图表文件
- 文件名称：Supplementary Figures.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：研究相关的补充图表文档
数据来源
论文“Phylogenomics uncovers confidence and conflict in the rapid radiation of Australo-Papuan rodents”
适用场景
- 系统基因组学分支支持度分析: 比较串联与溯祖方法对分支支持度的估计差异，评估快速辐射类群的系统发育不确定性
- 啮齿动物演化研究: 解析Australo-Papuan鼠科啮齿动物的属级关系及快速辐射过程中的系统发育冲突
- 基因组数据不确定性评估: 探索大样本数据集下分支支持度的高估问题及解决策略
- 分子系统发育方法验证: 测试不同系统发育推断方法（如IQtree的GENESITE重抽样、UFBoot2）在处理低信号数据时的表现
