数据集概述
本数据集围绕恶性疟原虫在新大陆殖民后红细胞结合抗原(eba基因)的选择模式展开,包含3个eba基因、2个管家基因的序列数据及272个SNP数据集、补充表格,共7个文件。通过对比南美与非洲种群的基因多态性,分析eba基因在新宿主环境下的选择压力差异,为疟原虫进化研究提供基础数据。
文件详解
- 基因序列文件(.fas格式,共5个)
- 文件名称:
eba140_sequences.fas、eba175_sequences.fas、eba181_sequences.fas、adsl_sequences.fas、serca_sequences.fas
- 内容说明:分别包含恶性疟原虫eba-140、eba-175、eba-181红细胞结合抗原基因及adsl、serca管家基因的核苷酸序列数据
- SNP数据集文件(.xls格式)
- 文件名称:
272 SNP dataset_South America_Yalcindag.xls
- 内容说明:包含南美恶性疟原虫种群的272个单核苷酸多态性(SNP)数据
- 补充表格文件(.xlsx格式)
- 文件名称:
Supp table 1 Yalcindag et al.xlsx
- 内容说明:研究相关的补充表格数据,支持基因选择压力分析的辅助信息
数据来源
论文“Patterns of selection on Plasmodium falciparum erythrocyte binding antigens after the colonisation of the New World”
适用场景
- 疟原虫进化研究:分析恶性疟原虫在新大陆殖民后抗原基因的适应性进化机制
- 抗原选择压力分析:对比南美与非洲种群eba基因的选择模式差异,探究新宿主环境对疟原虫的选择压力
- 基因多态性研究:利用SNP数据及基因序列,研究恶性疟原虫种群的遗传多样性与分化
- 疟原虫入侵机制研究:通过eba基因序列分析,探索疟原虫红细胞入侵相关蛋白的变异与功能适应性