数据集概述
该数据集围绕Portullugo分支（石竹目）的光合作用基因展开，包含系统发育重建与分子进化分析相关数据，涉及多基因家族的靶向富集方法应用，为研究C4和CAM光合作用起源的适应性氨基酸替换提供支持。
文件详解
- 文档类文件：
- suppl_methods_2018_08_19.pdf：PDF格式，补充方法说明文档
- Supp_Table_7.pdf：PDF格式，补充表格7文档
- Supplementary_Figures_new.pdf：PDF格式，补充图表文档
- locusMAPTreePlots.pdf：PDF格式，基因座系统发育树图文档
- 数据类文件（CSV格式）：
- Supp_Table_5c.csv：包含最小序列长度、分析类型、片段正确/错误比例均值及标准差等字段
- Supp_Table_4.csv：补充表格4数据
- Supp_Table_6.csv：包含节点名称、不同分析方法（concat/astral）对应的支持率字段
- Supp_Table_5a.csv：补充表格5a数据
- Supp_Table_2.csv：补充表格2数据
- 其他CSV文件（共8个）：提供系统发育分析相关的结构化数据
- 压缩包文件（.tar.gz格式）：
- backbone_trees.tar.gz：主干树数据压缩包
- combined_analyses.tar.gz：联合分析数据压缩包
- contigs.tar.gz：序列拼接结果压缩包
- individual_loci.tar.gz：单个基因座数据压缩包
- 其他文件：
- ppc1E1.fa：FASTA格式，ppc1E1基因序列文件
- ppc1E1.tre：树文件格式，ppc1E1基因系统发育树文件
适用场景
- 植物系统发育研究：分析Portullugo分支的系统发育关系及分类地位
- 光合作用分子进化研究：探究C4和CAM光合作用起源相关的基因适应性进化
- 多基因家族靶向富集方法验证：评估该方法在系统发育分析中的可行性与效果
- 基因组数据信号复杂性分析：研究基因组尺度数据中系统发育信号的冲突与一致性
- 功能基因进化分析：解析多基因家族（如光合作用相关基因）的进化模式
