数据集概述
本数据集通过RAD测序技术结合与斑胸草雀基因组比对，为非模式雀形目鸟类留尼汪灰绣眼鸟生成大量SNP标记。研究使用6个混合样本池测序，构建约60万个contigs，其中38.6万个可比对至斑胸草雀基因组，最终获得8万余个可准确定位且分布均匀的SNP标记，展示了该方法在非模式鸟类中高效开发SNP的潜力。
文件详解
- 文件名称：
consensus_reads_1_2_UDBA.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含通过UDBA方法生成的共识序列数据，为后续contig构建和SNP检测提供基础序列信息
- 文件名称：
Files_with_contigs_names_and_allele_counts_for_several_stringency_criteria.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含不同严谨性标准下的contig名称及等位基因计数数据，支持对SNP标记的筛选和质量评估
数据来源
论文“Data from: Mass production of SNP markers in a nonmodel passerine bird through RAD sequencing and contig mapping to the zebra finch genome”
适用场景
- 非模式鸟类遗传学研究: 利用SNP标记开展留尼汪灰绣眼鸟种群遗传结构、基因流等研究
- 比较基因组学分析: 通过与斑胸草雀基因组比对结果，探究雀形目鸟类基因组保守区域及进化关系
- SNP标记开发方法优化: 评估RAD测序结合混合样本池策略在非模式物种中生成SNP的效率与成本效益
- 分子标记辅助育种: 为留尼汪灰绣眼鸟等非模式鸟类的遗传育种提供高密度分子标记资源
- 生物多样性保护研究: 基于SNP标记分析留尼汪灰绣眼鸟的遗传多样性，为物种保护策略制定提供数据支持
