数据集概述
本数据集为欧洲高山Rhithrogena蜉蝣的分子系统发育与分化时间研究数据，包含线粒体和核基因序列、系统发育树文件、贝叶斯分析输入输出文件及R脚本等31个文件，覆盖物种分类、演化关系及分化时间等核心研究内容，支持物种群定义、分化速率及祖先状态重建等分析。
文件详解
- 基因序列文件
- 格式：FASTA
- 具体文件：16S.fasta、cox1.fasta、EF-1alpha.fasta、PEPCK.fasta、wg.fasta
- 字段映射：包含16S、cox1（线粒体基因）及EF-1alpha、PEPCK、wg（核基因）的物种序列数据
- 系统发育分析输入输出文件
- 格式：NEX
- 具体文件：combined_MrBayes_input.nex、combined_MrBayes_tree.nex、cox1_MrBayes_tree.nex、PEPCK_MrBayes_treee.nex、wg_MrBayes_tree.nex等11个文件
- 字段映射：包含MrBayes分析的输入数据及生成的系统发育树结果
- 系统发育树文件
- 格式：TREE、TRE
- 具体文件：cox1_pos3_STARBEAST.tree、mt_BEAST.tree、mt_Garli_tree.tre等12个文件
- 字段映射：包含BEAST、STARBEAST、Garli等工具生成的物种系统发育树及分化时间结果
- 贝叶斯分析配置文件
- 格式：XML
- 具体文件：mt_BEAST_input.xml、sp_tree_STARBEAST_input.xml
- 字段映射：包含BEAST、STARBEAST分析的参数配置及输入元数据
- 数据分析脚本
- 格式：R
- 具体文件：CorSiM_script.R
- 字段映射：用于物种分化模拟分析的R语言脚本
数据来源
论文“Molecular phylogeny and timing of diversification in Alpine Rhithrogena (Ephemeroptera: Heptageniidae)”
适用场景
- 生物系统发育研究：利用基因序列及系统发育树文件，分析欧洲高山Rhithrogena的物种演化关系与分类群定义
- 物种分化时间分析：基于分子钟数据，探究Alpine Rhithrogena的起源时间及分化速率
- 生物地理学研究：结合祖先状态重建结果，验证水生昆虫的源头演化及下游扩散假说
- 进化生物学模拟：使用R脚本模拟物种分化过程，分析古气候波动对物种演化的影响
- 分子生态学研究：通过线粒体与核基因数据，研究物种的遗传多样性及种群结构
