数据集概述
本数据集来自25年田间实验，通过形态学鉴定和高通量扩增子测序两种方法，研究年度焚烧和氮富集对草地土壤线虫群落的长期影响。包含测序数据、样本计数、分析脚本及参考数据库，共8个文件，用于验证测序方法的准确性及线虫群落对生态管理措施的响应。
文件详解
- 代码文件
- 文件名称：blastAnalysis30.py、AmpSeqpipeline30.sh、amPy30.py
- 文件格式：.py、.sh
- 字段映射介绍：用于测序数据处理、BLAST分析及rRNA基因拷贝数校正的脚本文件
- 数据文件
- 文件名称：specimens.csv、sequences.csv、barcodeIDs.txt
- 文件格式：.csv、.txt
- 字段映射介绍：specimens.csv含样本季节、处理（焚烧/氮富集）及线虫科水平形态学计数；sequences.csv含测序得到的线虫序列丰度；barcodeIDs.txt含样本条形码与处理的对应关系
- 测序数据文件
- 文件名称：TCA.454Reads.zip
- 文件格式：.zip
- 字段映射介绍：454测序原始 reads 压缩包
- 参考数据库文件
- 文件名称：eukSSU.fasta
- 文件格式：.fasta
- 字段映射介绍：真核生物小亚基核糖体RNA参考序列数据库
数据来源
论文“High-throughput amplicon sequencing of rRNA genes requires a copy number correction to accurately reflect the effects of management practices on soil nematode community structure”
适用场景
- 土壤线虫群落结构分析: 比较形态学与测序方法对不同管理措施下线虫群落的检测结果
- rRNA基因拷贝数校正研究: 验证遗传算法校正拷贝数对测序定量准确性的提升效果
- 生态管理措施效应评估: 分析年度焚烧和氮富集对不同营养级线虫（植食性、真菌食性、细菌食性等）丰度的长期影响
- 高通量测序方法验证: 评估扩增子测序在土壤无脊椎动物群落研究中的适用性与局限性
- 指示物种识别: 通过测序数据鉴别不同营养级的潜在指示物种，为生态监测提供依据
