数据集概述
该数据集是Lollar等人研究的支持数据，围绕萨拉托加温泉的地质微生物学展开，包含原始测序数据、处理后的OTU表、分类学信息、多样性分析结果、元数据及分析代码等，为温泉环境微生物群落研究提供全面数据支持。
文件详解
该数据集包含多个目录和文件，具体说明如下：
- 根目录文件：
- Data tables.xlsx：Excel格式的数据表格文件
- Geomicrobiology目录核心文件：
- Metadata.csv：CSV格式元数据文件，包含字段如sample_id（样本ID）、Sample_Name（样本名称）、Sample_Type（样本类型）、Depth（深度）
- family_colors.csv：CSV格式文件，包含order（目）、family（科）、phylum（门）、class（纲）、hex.color（颜色编码）等分类学相关字段
- Garnet.Rproj：R项目文件
- dendro.R、maggie_cluster.R：R语言分析脚本
- Garnet_workflow.sh：Shell脚本工作流文件
- raw_data子目录：
- Garnet_map.txt：样本映射文件
- Garnet.fasta：原始测序数据文件
- otu_data子目录：
- Garnet_noChimera_otuTable_withTaxa.txt：去嵌合体后的OTU表（含分类学信息）
- Garnet.tre：系统发育树文件
- Garnet_derep_sorted_otus.fasta：去冗余排序后的OTU序列文件
- Garnet_noChimera_otuTable_withTaxa_82509.biom：BIOM格式OTU表文件
- Garnet_noChimera_otuTable_withTaxa_table_summary.txt：OTU表统计摘要文件
- otu_data子目录下的功能模块：
- alpha_div：含alpha_rarefaction_.txt等alpha多样性稀释曲线文件
- collated_alpha：含chao1.txt、PD_whole_tree.txt等整理后的alpha多样性指数文件
- pynast_aligned：含序列比对相关文件（如Garnet_derep_sorted_otus_aligned.fasta）
- rarefied_otu_tables：含不同深度稀释的OTU表（如rarefaction_10500_1.txt）
- tax_summaries：含不同分类水平的统计文件（如L2、L5、L6水平）
- uclust_taxa_：含分类学注释结果文件（如tax_assignments.txt）
适用场景
- 地质微生物学研究：分析温泉环境中微生物群落结构与多样性
- 微生物生态学分析：探究温泉深度等环境因子对微生物群落的影响
- 生物信息学方法验证：测试OTU聚类、分类学注释及多样性分析流程
- 环境微生物代谢研究：结合分类学信息推测温泉微生物的潜在代谢功能
- 数据处理流程复现：基于提供的脚本和工作流复现微生物组分析过程
