数据集概述
本数据集为研究北美食肉植物Sarracenia属系统发育关系的目标捕获法分析结果,包含75个样本的199个核基因序列及叶绿体基因组序列,用于解析该年轻分支(<300万年)的进化关系、生物地理起源及基因树异质性,共8个文件。
文件详解
- 基因树文件
- 文件名称:genetrees_nwk.zip、MPEST_accession.tre、MPEST_199.nwk、concatenation_RAxML.tre、chloroplast_RAxML.tre
- 文件格式:ZIP、TRE、NWK
- 字段映射介绍:包含单个基因树(genetrees_nwk.zip)、多物种溯祖法构建的系统发育树(MPEST系列)、核基因串联树(concatenation_RAxML.tre)及叶绿体基因树(chloroplast_RAxML.tre)
- 序列文件
- 文件名称:Sarracenia_fasta_199.zip、concatenation_Sarracenia.phylip、Chloroplast_Sarracenia.phylip
- 文件格式:ZIP、PHYLIP
- 字段映射介绍:包含199个核基因的FASTA序列(Sarracenia_fasta_199.zip)、核基因串联序列(concatenation_Sarracenia.phylip)及叶绿体序列(Chloroplast_Sarracenia.phylip)
数据来源
论文“Resolving phylogenetic relationships of the recently radiated carnivorous plant genus Sarracenia using target enrichment”
适用场景
- 植物系统发育研究:解析Sarracenia属物种间进化关系及基因树异质性
- 生物地理起源分析:探究该属的 Appalachian 地块起源假说
- 基因序列分析:利用核基因与叶绿体基因组数据开展比较基因组学研究
- 年轻分支进化机制研究:分析<300万年年轻植物分支的快速辐射演化模式