数据集概述
该数据集包含萨塞克斯LHM黑腹果蝇半克隆系的生殖适合度分析数据，旨在为全基因组关联研究（GWAS）生成标准化的雌雄生殖适合度表型值。数据集涵盖原始数据、分析代码、日志文件、可视化图表及输出结果，支持使用Plink软件进行关联分析。
文件详解
- 代码文件:
- drive_make_plink_phenotypes.sh: Shell脚本文件，用于执行表型数据处理流程
- make_plink_phenotypes.R: R脚本文件，实现表型数据标准化与处理逻辑
- install_packages_make_plink_pheno.R: R脚本文件，用于安装分析所需的R包
- 表型数据文件:
- lhm_Female_Male_plink.pheno: Pheno格式文件，包含标准化后的雌雄生殖适合度表型数据
- 日志文件:
- log_sh_make_plink_phenotypes.txt、log_make_plink_phenotypes.txt: 数据处理过程的日志记录
- 校验文件:
- md5_checksums_make_plink_pheno.txt: MD5校验文件，验证数据完整性
- 统计与处理文件:
- fitness_transformation_slopes.txt: 适合度转换斜率数据
- 可视化文件:
- plots_raw_fitness_data.pdf、plots_stacked_egg_distributions.pdf、plots_fitness_transformation.pdf、plots_standardised_phenotypes.pdf: PDF格式图表，展示原始适合度数据、卵分布、适合度转换及标准化表型结果
- plots_replicate_correlation_Female.png、plots_replicate_correlation_Male.png: PNG格式图片，呈现雌雄适合度重复样本的相关性分析结果
适用场景
- 果蝇生殖遗传学研究：分析黑腹果蝇半克隆系生殖适合度的遗传基础
- GWAS表型分析：为全基因组关联研究提供标准化表型数据支持
- 统计方法验证：探究适合度数据转换与标准化的统计方法效果
- 生物数据可视化：研究生殖适合度相关表型的分布特征与重复样本相关性
- 遗传与表型关联分析：结合基因型数据开展生殖适合度的遗传关联研究
