数据集概述
本数据集包含蛙类和蟾蜍视觉视蛋白基因进化分析相关数据，涉及基因多样性、复制及正选择研究。共20个文件，涵盖基因序列比对、系统发育树、引物文档及选择压力分析结果等，为蛙类视觉基因进化研究提供基础数据支持。
文件详解
- 基因序列比对文件（.fas格式，8个）
- 示例文件：Schott_et_al_anuran_SWS1_alignment.fas、Schott_et_al_anuran_RH1_alignment.fas、Schott_et_al_anuran_LWS_alignment.fas等
- 内容：包含蛙类不同视觉视蛋白基因（SWS1、SWS2、LWS、RH1等）的序列比对结果，部分文件含牛RH1基因作为参考序列
- 系统发育树文件（.tre格式，8个）
- 示例文件：Schott_et_al_anuran_SWS2_ml.tre、Schott_et_al_anuran_LWS_ML.tre、Schott_et_al_anuran_RH1_ML.tre等
- 内容：基于最大似然法（ML）构建的视蛋白基因系统发育树，以及物种水平的系统发育树（如sws1_sp.tre、lws_sp.tre）
- 分析结果文件（.xlsx格式，3个）
- 示例文件：Schott_et_al_Full_FUBAR_Results.xlsx、Schott_et_al_Sequence_Data.xlsx、Schott_et_al_Full_PAML_Results.xlsx
- 内容：包含FUBAR和PAML软件的选择压力分析结果，以及序列数据整理表
- 引物文档（.docx格式，1个）
- 文件名称：Schott_et_al_anuran_opsin_primers.docx
- 内容：蛙类视蛋白基因扩增所用的引物序列文档
数据来源
论文“Evolutionary analyses of visual opsin genes in frogs and toads: diversity, duplication, and positive selection”
适用场景
- 蛙类视觉基因进化研究: 分析视蛋白基因的多样性、复制事件及正选择位点，揭示蛙类视觉适应的分子机制
- 系统发育分析: 利用系统发育树文件研究蛙类不同类群视蛋白基因的演化关系
- 分子生态学研究: 基于引物文档开展蛙类视蛋白基因的分子检测与群体遗传学分析
- 选择压力分析方法验证: 对比FUBAR和PAML软件的分析结果，优化分子进化分析流程
- 比较基因组学研究: 整合序列比对数据，探究蛙类与其他脊椎动物视蛋白基因的进化差异
