数据集概述
本数据集基于ddRAD测序技术，分析阿拉伯半岛红海及亚丁湾双带海葵鱼（Amphiprion bicinctus）及阿曼特有种（Amphiprion omanensis）的基因结构，探究地理与环境因素对基因流的影响，包含基因数据、分析脚本及结果文件共9份，支持海洋生物基因结构与杂交模式研究。
文件详解
- 信息类文件
- 文件名称：Biocode_Information_sheet.txt、data matrix_Information-theoretic approach.txt、threepop_test_results_file.txt、candidate_loci_k3.txt、candidate_loci_k2.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含样本生物信息（如Accession、Sample Name、Organism）、信息论方法数据矩阵、三群体测试结果、k=2及k=3的候选基因座数据
- 代码文件
- 文件名称：Information_theoretic_aproach_script.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：信息论方法分析脚本，用于基因结构相关计算
- 序列与结果文件
- 文件名称：4559_loci_file.vcf、tremix_MLtree_with_m5_.treeout
- 文件格式：VCF、TREEOUT
- 字段映射介绍：包含4559个基因座的变异数据（VCF）、最大似然树分析结果（TREEOUT）
- 压缩文件
- 文件名称：de_novo_assembly _files.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：从头组装相关文件的压缩包
数据来源
论文“Seascape genetics along environmental gradients in the Arabian Peninsula: insights from ddRAD sequencing of anemonefishes”
适用场景
- 海洋生物基因结构分析: 研究双带海葵鱼及阿曼特有种的基因聚类、基因流模式与环境梯度的关联
- 物种杂交与渐渗研究: 分析亚丁湾区域种间杂交及基因渐渗的基因组模式
- 景观遗传学方法验证: 利用信息论方法脚本及数据矩阵，验证地理隔离（IBD）与环境隔离（IBE）对基因结构的影响
- 海洋生物基因座筛选: 通过候选基因座文件，筛选与环境适应相关的功能基因座
- 海洋生物样本信息查询: 利用生物编码信息表，获取样本的物种、采样地及项目编号等元数据
