数据集概述
本数据集围绕海岸红杉(唯一的六倍体针叶树)的全基因组复制(WGD)展开,通过转录组测序、系统发育推断等方法,探究其多倍体化机制及在裸子植物中罕见的原因。数据包含转录组数据及单/多拷贝基因分析结果,为解析红杉进化历史提供支撑。
文件详解
- 文档文件(document_files)
- 文件名称:README_for_transcriptomes.txt、README_for_Multi-copy analyses.txt、README_for_Single-copy analyses.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:分别描述转录组数据、多拷贝基因分析、单拷贝基因分析的相关信息,含数据说明、分析方法等内容。
- 压缩文件(archive_files)
- 文件名称:Single-copy analyses.zip、Multi-copy analyses.zip、transcriptomes.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:分别存储单拷贝基因分析、多拷贝基因分析、转录组的原始或处理后数据,具体内容需解压后查看。
数据来源
论文“Whole genome duplication in coast redwood (Sequoia sempervirens) and its implications for explaining the rarity of polyploidy in conifers”
适用场景
- 植物多倍体进化研究: 分析海岸红杉六倍体化的机制(自/异源多倍体)及与裸子植物多倍体罕见性的关联。
- 转录组数据分析: 利用红杉转录组数据探究基因表达、功能分化等。
- 针叶树基因组进化研究: 解析红杉与近缘物种的亲缘关系及基因组演化规律。
- 裸子植物多倍体限制因素分析: 结合分子与化石证据,探讨裸子植物全基因组复制的瓶颈及红杉的突破机制。