数据集概述
本数据集为犬类果糖胺血清浓度基因研究数据，包含9个犬种的基因型和表型信息，重点分析比利时牧羊犬中影响果糖胺血清浓度的遗传位点。数据源于全基因组关联研究，揭示了比利时牧羊犬CFA3染色体上的关联区域及特有低杂合度区域，涉及LETM1、GAPDH等葡萄糖代谢相关候选基因，可用于探究犬类糖尿病易感性的遗传机制。
文件详解
- 压缩包文件
- 文件名称：Forsberg_et_al_fructosamine_data.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含以下核心文件
- genotypes.ped：所有个体的基因型数据，基于Illumina 170k CanineHD Bead Chip获取
- genotypes.map：所有SNP的基因组位置（CanFam2组装版本）
- phenotypes.txt：所有个体的表型数据及元信息
- 说明文档
- 文件名称：README_for_Forsberg_et_al_fructosamine_data.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集说明文档，描述研究背景、数据内容及文件结构
数据来源
论文“The shepherds' tale: a genome-wide study across 9 dog breeds implicates two loci in the regulation of fructosamine serum concentration in Belgian shepherds”
适用场景
- 犬类糖尿病遗传机制研究：分析比利时牧羊犬果糖胺血清浓度的遗传调控位点，探究糖尿病易感性的分子基础
- 宠物医疗诊断优化：基于遗传标记开发犬类糖尿病风险评估工具
- 比较基因组学分析：研究不同犬种果糖胺代谢相关基因的进化差异
- 葡萄糖代谢通路研究：验证LETM1、GAPDH等候选基因在犬类糖代谢中的功能作用
数据质量说明
- 基因型数据基于Illumina 170k CanineHD Bead Chip平台，采用CanFam2基因组组装版本进行定位
- 表型数据包含完整的个体元信息和果糖胺血清浓度检测值
- 数据经过质量控制处理，适合全基因组关联分析和群体遗传学研究
数据使用建议
- 基因型数据可用于群体结构分析、连锁不平衡分析和全基因组关联研究
- 表型数据适合进行表型-基因型关联分析和遗传力估计
- 建议结合CanFam3.1等最新基因组组装版本进行数据注释更新
