数据集概述
本数据集包含81个三刺鱼全基因组序列分析结果，覆盖太平洋北美、格陵兰及北欧16个种群。通过核SNPs主成分分析、线粒体基因组序列分析及全基因组重组 coalescence 方法，揭示不同地理区域种群的分化特征、谱系混合模式及种群动态历史差异，为三刺鱼适应性进化研究提供基础数据。
文件详解
- 文件名称：mtDNA_alignments.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含线粒体基因组序列比对数据，用于分析不同种群的谱系混合模式，如北欧种群的单一谱系特征、格陵兰及太平洋种群的跨谱系混合情况
- 文件名称：SNPs_subset.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：包含核基因组单核苷酸多态性（SNPs）子集数据，支持种群遗传结构分析，如主成分分析中地理区域分组、种群间分化程度评估等
数据来源
论文“Region-wide and ecotype-specific differences in demographic histories of threespine stickleback populations, estimated from whole genome sequences”
适用场景
- 种群遗传学研究：分析三刺鱼不同地理种群的遗传分化、谱系结构及基因流模式
- 进化生物学研究：探究种群动态历史（如扩张、衰退时间）与地理区域环境变化的关联
- 适应性进化机制分析：结合种群历史差异，研究淡水种群独立起源对平行进化的影响，验证Transporter Hypothesis
- 分子生态学研究：利用线粒体及核基因组数据，解析生态型特异性遗传特征与环境适应的关系
