数据集概述
本数据集包含在Sussex LHM黑腹果蝇种群样本中，使用三对半克隆个体进行基因型可重复性测试的代码、日志及结果摘要。通过GATK HaplotypeCaller和Genomestrip完成基因组序列变异的发现与基因分型，利用GATK GenotypeConcordance进行每对半克隆个体间基因型调用的数值比较，共包含2个压缩文件。
文件详解
- 文件名称：genomestrip_gt_replication_test.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含基于Genomestrip工具进行基因型可重复性测试的相关数据，具体内容需解压后查看
- 文件名称：haplocaller_gt_replication.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含基于GATK HaplotypeCaller工具进行基因型可重复性测试的相关数据，具体内容需解压后查看
数据来源
预印本论文“Whole genome resequencing of a laboratory-adapted Drosophila melanogaster population sample”（biorxiv：http://biorxiv.org/content/early/2016/10/17/081554，doi：http://dx.doi.org/10.1101/081554）
适用场景
- 基因组测序技术验证：评估GATK HaplotypeCaller和Genomestrip在果蝇种群样本中基因型检测的可重复性
- 基因型一致性分析：研究半克隆个体间基因型调用的数值差异，验证测序数据的可靠性
- 基因组变异研究：为果蝇种群基因组序列变异的发现与基因分型提供方法学参考
- 实验设计优化：辅助优化下一代测序实验中基因型检测的流程与参数设置
