数据集概述
本数据集包含合鳃鱼目（Synbranchiformes）鱼类的超保守元件（UCEs）测序数据及系统发育分析结果，用于研究该类群的全球扩散历史与生物地理学模式。数据支持东南亚为主要类群祖先区域的结论，排除冈瓦纳大陆分裂假说，揭示独立大陆入侵事件，共包含十五个文件。
文件详解
- 系统发育树文件（.tre）
- 文件名称：UCE_composite_matrix_IQTree.tre、UCE_only_matrix_IQTree.tre、BEAST_divtimes_set1.tre、BEAST_divtimes_set2.tre、BEAST_divtimes_set3.tre
- 文件格式：TRE
- 字段映射介绍：包含IQTree和BEAST分析生成的系统发育树，记录物种间进化关系及时钟校准的分化时间
- 序列矩阵文件（.phylip）
- 文件名称：UCE_composite_matrix.phylip、UCE_only_75percent_matrix.phylip
- 文件格式：PHYLIP
- 字段映射介绍：合鳃鱼目物种的UCE序列拼接矩阵，包含完整数据集及至少75%分类单元覆盖的子集
- 分区定义文件（.txt）
- 文件名称：UCE_composite_matrix_partitions.txt、UCE_only_75percent_matrix_partitions.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录序列矩阵中各UCE位点的分区信息，标注DNA子集对应的碱基位置范围
- 系统发育分析配置文件（.xml）
- 文件名称：BEAST_divtimes_set1.xml、BEAST_divtimes_set2.xml、BEAST_divtimes_set3.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：BEAST软件分析的参数配置文件，包含分化时间估算的模型设置
- 单基因座对齐文件（.gzip）
- 文件名称：UCE_loci_75p_complete.gzip
- 文件格式：GZIP
- 字段映射介绍：压缩格式的单个UCE基因座NEXUS对齐文件目录，包含至少75%分类单元覆盖的基因座
- 多基因座树文件（.trees）
- 文件名称：UCE_loci_trees_for_ASTRAL.trees
- 文件格式：TREES
- 字段映射介绍：用于ASTRAL分析的单个UCE基因座系统发育树集合
- 说明文档（.md）
- 文件名称：README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：数据集说明文档，包含文件结构与数据描述
数据来源
论文“dispersal sweepstakes: biotic interchange propelled air-breathing fishes across the globe”
适用场景
- 鱼类系统发育研究: 利用UCE序列矩阵与系统发育树分析合鳃鱼目物种的进化关系
- 生物地理学分析: 基于分化时间与祖先区域重建结果，研究鱼类全球扩散模式
- 进化速率评估: 通过BEAST分析结果探究不同类群的谱系分化速率变化
- 生物多样性机制研究: 验证大陆入侵事件对物种多样性的影响机制
- 分子系统学方法应用: 测试UCEs在鱼类高阶分类单元系统发育研究中的适用性
