数据集概述
本数据集聚焦无性生殖植物蒲公英（Taraxacum officinale）的转座元件（TE）研究，包含5个TE簇相关的文本文件及1个直方图压缩文件。通过低覆盖度基因组测序、转录组和甲基化分析，揭示无性系内TE的动态变化、转录活性及甲基化差异，为理解无性生殖基因组演化提供数据支持。
文件详解
- Histograms_TE_clusters.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩文件，包含TE簇相关的直方图数据，用于展示TE簇的分布特征
- ContigsMacra12.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含CL1Contig1、CL1Contig2等序列信息，每条序列以>开头标注ID（如CL1Contig1 (133-1.8-240)），后续为核苷酸序列
- ContigsMacra11.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含TE相关的Contig序列信息，结构与ContigsMacra12.txt一致
- ContigsMacra3.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含TE相关的Contig序列信息，结构与ContigsMacra12.txt一致
- ContigsMacra13.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含TE相关的Contig序列信息，结构与ContigsMacra12.txt一致
- ContigsMacra8.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含TE相关的Contig序列信息，结构与ContigsMacra12.txt一致
数据来源
论文“Recent and dynamic transposable elements contribute to genomic divergence under asexuality”
适用场景
- 植物无性生殖基因组演化研究：分析转座元件对无性系内基因组分化的影响
- 转座元件动态变化分析：探究TE簇的丰度、转录活性及甲基化差异
- 表观遗传学研究：研究无性生殖植物中TE的甲基化模式及其对基因表达的调控
- 基因组重复序列分析：解析蒲公英基因组中LTR反转录转座子、DNA转座子等重复元件的特征
- 植物分子进化研究：揭示转座元件在无性生殖条件下的进化机制
