数据集概述
本数据集围绕澳洲Themeda triandra不同谱系的杂交与叶绿体捕获现象展开，支持对该物种生态型适应性、进化历史及基因交流机制的研究。包含全基因组测序数据、细胞器基因组数据及系统进化分析结果，涉及核DNA、核糖体DNA、线粒体DNA和叶绿体DNA四类遗传物质的序列与树文件。
文件详解
- README
- 文件格式：无扩展名
- 字段概述：数据集说明文档，载明四个压缩文件的内容构成
- nuDNA.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容概述：包含核DNA串联比对序列（nuDNA_Concatenated_all.fasta）、串联树（nuDNA_Concatenated_all.treefile）、超度量基因树（nuDNA_ultrametric.tree）、物种树（nuDNA_astral.tree）、单基因比对序列（nuDNA_gene_alignments）及单基因树（nuDNA_Gene_trees）
- rDNA.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容概述：核糖体DNA相关数据（具体内容未详述）
- mtDNA.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容概述：线粒体DNA相关数据（具体内容未详述）
- cpDNA.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容概述：包含去除IR区的叶绿体DNA比对序列（cpDNA-IRremoved.phy）及对应系统树（cpDNA-IRremoved.phy_phyml_tree.txt）、完整叶绿体DNA比对序列（cpDNA.phy）及对应系统树（cpDNA.phy_phyml_tree.txt）
适用场景
- 植物进化历史重建：通过核基因组与细胞器基因组数据，分析Themeda triandra的殖民历史及生态型分化时间
- 基因流与杂交机制研究：探究澳洲不同区域Themeda triandra生态型间的核基因交流、叶绿体捕获现象及形成原因
- 适应性进化分析：结合rpoC2基因选择信号，研究叶绿体基因在水分利用效率相关适应性中的作用
- 多倍体与基因组结构研究：分析核基因组倍性水平差异对物种适应性及分布广度的影响
- 植物系统发育分析：利用串联比对序列、基因树及物种树数据，构建Themeda属及近缘类群的系统进化关系
