数据集概述
本数据集是Titration_DB数据库的备份,包含NMR监测的蛋白质pH滴定原始化学位移数据。数据按检测核类型(1H、13C、15N)分为三个文件夹,每个蛋白质对应一个CSV文件,还包含关联蛋白质与原始文献的信息表及需PEATDB软件打开的二进制文件。
文件详解
- 主文件包:
nmr_titration_db_exported_2019-05-08.zip
- 文件格式:ZIP
- 内容结构:包含按核类型(1H、13C、15N)分类的三个文件夹,每个文件夹内为对应核类型的蛋白质滴定数据CSV文件;根目录下有
titration_dataset_info.csv文件,关联蛋白质名称与原始文献;另有二进制文件titdb.fs(需PEATDB软件打开)。
- 蛋白质数据文件:按核类型存储的CSV文件(每个蛋白质一个)
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含蛋白质pH滴定过程中对应核的化学位移原始数据
- 信息关联文件:
titration_dataset_info.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:关联蛋白质名称与原始文献信息
- 二进制文件:
titdb.fs
- 文件格式:二进制
- 说明:需通过PEATDB软件打开,用于交互式拟合滴定数据
数据来源
D. Farrell等,“Titration_DB: Storage and analysis of NMR-monitored protein pH titration curves.,” Proteins, vol. 78, no. 4, pp. 843–857, 2009.
适用场景
- 蛋白质结构与功能研究:分析pH变化对蛋白质化学位移的影响,探究蛋白质构象变化
- 蛋白质组学数据分析:整合多蛋白质的pH滴定数据,开展批量分析
- 生物信息学工具验证:为蛋白质滴定数据相关分析工具提供测试数据集
- 蛋白质工程实验参考:为蛋白质工程实验中的pH条件优化提供数据支持
- 学术研究文献追溯:通过信息表关联原始文献,支持相关研究的溯源与拓展