数据集概述
本数据集为化石系统发育分析相关的模拟与实证数据，包含TREvoSim模拟设置、模拟数据集、推断用矩阵、共识树、R代码等8个文件。通过模拟评估不同化石采样量和缺失数据下的系统发育推断方法性能，验证化石对形态学数据集系统发育分析的提升作用，支持古生物学进化历史重建研究。
文件详解
- README_fossils.and.phylogenies.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集说明文档，标注数据归属为Mongiardino Koch N等2021年的研究
- File_S1_-_TREvoSim_settings.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：TREvoSim v2.0.0的运行设置文件，包含生成研究数据所用的参数配置
- File_S2_-_TREvoSIM_simulations.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包，包含TREvoSim生成的250个特征数据集及关联拓扑结构
- File_S3_-_Matrices_for_inference.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包，包含11250个不同化石比例和缺失数据水平的子采样推断矩阵
- File_S4_-_Inferred_consensus_trees.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包，包含推断得到的共识树文件
- File_S5_-_TNT_batch_script.run.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：TNT软件的批处理脚本文件，包含循环模拟、重复分析的代码逻辑（如rseed、piwe参数设置）
- R_code.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包，包含研究中使用的R分析代码
- Empirical_datasets.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包，包含实证研究使用的数据集
数据来源
Mongiardino Koch N, Garwood RJ, Parry LA (2021) - Fossils improve phylogenetic analyses of morphological characters
适用场景
- 古生物学系统发育方法评估: 用于测试不同化石采样量和缺失数据下，系统发育推断方法的准确性与稳定性
- 化石时间信息价值研究: 分析化石地层年龄（tip-dated）在系统发育重建中的作用，对比定年与未定年方法的性能差异
- 形态学数据信号提取: 探究化石独特形态特征与时间信息对形态学数据集真实系统发育信号的提取效果
- 进化历史重建验证: 支持通过总证据系统发育学方法，更准确地重建生物类群的进化历史与分歧时间
- 模拟工具参数优化: 基于TREvoSim设置文件，优化古生物学模拟研究的参数配置与实验设计
