数据集概述
本数据集包含荷兰山羊养殖户与农村居民的鼻咽（NP）和口咽（OP）微生物组数据，以phyloseq S4对象形式提供，包含扩增子序列变体（ASV）表、分类学表和样本元数据。数据经DADA2 pipeline处理及去污染、低质量样本过滤，最终保留904个NP样本和1046个OP样本，支持微生物组关联分析。
文件详解
- 文件名称：
ps_filtered_zenodo.Rds
- 文件格式：Rds
- 字段映射介绍：phyloseq S4对象，包含三个核心组件：扩增子序列变体（ASV）表（记录序列变体丰度）、分类学表（序列变体的分类学注释）、样本元数据（样本基本信息）
- 文件名称：
Metadata_codebook_microbiome.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：样本元数据说明文件，用于解释
ps_filtered_zenodo.Rds中样本元数据的字段定义与编码规则
数据来源
Zenodo（10.5281/zenodo.15773127）及GitHub仓库（https://github.com/BeatriceCornuHewitt/URT_microbiome_livestock_exposure）
适用场景
- 农业环境微生物组研究：分析山羊养殖环境暴露对人群鼻咽、口咽微生物组的影响
- 微生物组多样性分析：探究不同人群（养殖户/农村居民）微生物组的组成与多样性差异
- 公共卫生监测：评估职业暴露与呼吸道微生物组健康风险的关联
- 生物信息学方法验证：作为phyloseq对象格式数据，用于微生物组分析流程的测试与优化
