数据集概述
本数据集是赤狐（Vulpes vulpes）全分布区多基因谱系地理学研究的相关数据，包含线粒体DNA、核基因、Y染色体等多类型遗传数据及分析文件，用于探究赤狐的起源、种群分化、洲际基因交流及种群历史动态，支持赤狐物种形成机制的研究。
文件详解
- 系统发育树文件（.tree格式，共3个）
- 文件名称：Statham_Beast_mtDNA_modern_only_100million.tree、Statham_Beast_mtDNA_modern+ancient_100M.tree、Statham_nuclear_species_tree_800million.tree
- 内容说明：分别为现代赤狐线粒体DNA、现代+古代赤狐线粒体DNA、核基因物种树的系统发育分析结果文件
- 分析输入文件（.xml格式，1个）
- 文件名称：Statham_Beast_Input_Nuclear_strict_800M_20131127ii.xml
- 内容说明：核基因Beast分析的输入配置文件
- 序列比对文件（.fasta格式，1个）
- 文件名称：Statham_mtDNA_unique_haplotypes_alignment.fasta
- 内容说明：赤狐线粒体DNA独特单倍型的序列比对文件
- 数据集文件（.xlsx格式，共2个）
- 文件名称：Statham_Fox_mtDNA_dataset.xlsx、Statham_Fox_Autosomal_Y_and_mtDNAcombinationsII.xlsx
- 内容说明：分别为赤狐线粒体DNA数据集、常染色体+Y染色体+线粒体DNA组合数据集
- 贝叶斯树文件（.con格式，1个）
- 文件名称：Statham_MrBayes_tree_12million.con
- 内容说明：MrBayes分析得到的系统发育树文件
数据来源
论文“Range-wide multilocus phylogeography of the red fox reveals ancient continental divergence, minimal genomic exchange, and distinct demographic histories”
适用场景
- 赤狐种群演化研究：分析赤狐的起源中心、洲际分化时间及种群历史动态
- 物种形成机制探究：验证赤狐是否符合边域性物种形成模型，支持北美赤狐作为独立物种（V. fulva）的分类
- 遗传谱系地理分析：利用线粒体、核基因及Y染色体数据，研究赤狐不同大陆种群的遗传结构与基因交流模式
- 古气候响应研究：对比不同大陆赤狐种群对第四纪冰期气候波动的生物地理响应差异
- 分子系统发育方法验证：通过多基因数据整合分析，检验不同分子标记（线粒体、核基因、Y染色体）在谱系地理研究中的一致性与差异
