数据集概述
本数据集围绕系统发育分析方法展开，通过模拟无概率模型的形态学特征数据，对比简约法与贝叶斯、最大似然Mk模型的准确性。重点探究不同一致性指数（同塑性水平）下各方法的表现差异，为分类形态学分析方法选择提供依据。
文件详解
- 文档类文件：
- README.txt：项目说明文档，介绍数据集包含的补充表格、图表及代码文件的用途。
- Puttick_et_al_supp_figures.pdf：PDF格式，包含研究中所有补充图表。
- Puttick_et_al_supp_tables.docx：Word格式，包含研究中所有补充表格。
- 代码类文件（.R格式）：
- RCode_example.R：示例代码，演示主要函数
generateData的使用流程。
- supplementalCode.R：补充分析代码。
- empirical.CI.R：计算经验一致性指数的代码。
- simulateBinary.R：模拟二态特征矩阵的代码。
- simulateMultiState.R：模拟二态及多态特征矩阵的代码。
适用场景
- 系统发育方法学研究：对比不同分析方法在形态学数据中的准确性差异。
- 进化生物学分析：为分类形态学数据的系统发育树构建提供方法选择参考。
- 生物信息学：验证贝叶斯Mk模型在高同塑性数据中的可靠性。
- 统计模拟研究：探究同塑性水平对系统发育分析结果的影响机制。
