数据集概述
本数据集包含利用Samplix Xdrop®富集技术和Nanopore测序技术，对Feed the Future全球生物技术马铃薯合作项目开发的4个转基因抗晚疫病马铃薯事件（DIA_MSU_UB015、DIA_MSU_UB255、GRA_MSU_UG234、GRA_MSU_UG265）进行T-DNA特征分析的相关数据，用于支持转基因作物商业化的监管安全评估。
文件详解
- 序列比对与索引文件
- 文件名称：如UB255const.reads.masked.genome.tag.bam、UB255const.reads.masked.genome.tag.bam.bai
- 文件格式：BAM、BAI
- 字段映射介绍：BAM文件为序列比对结果，BAI为对应的索引文件，用于快速访问BAM数据，包含T-DNA及 junction区域的高覆盖度序列读取信息
- 桑格测序文件
- 文件名称：如UG265_Flanking_Sanger_Sequences.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含侧翼序列的桑格测序数据，用于验证T-DNA插入位置及侧翼序列信息
- 质粒序列文件
- 文件名称：pSIM4392_v2020_simplot.gbk、pSIM4392_TDNA_LBtoRb.ape
- 文件格式：GBK、APE
- 字段映射介绍：包含pSIM4392质粒的基因序列信息，记录T-DNA的LB到RB区域及相关遗传元件
- 说明文档
- 文件名称：README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：数据集概述、文件结构说明、质粒序列背景等元数据信息
数据来源
Feed the Future Global Biotech Potato Partnership
适用场景
- 转基因作物分子特征分析: 用于检测T-DNA插入位置、侧翼序列、插入稳定性及对 native基因的影响
- 农业监管安全评估: 为转基因马铃薯商业化的监管审批提供分子特征数据支持
- 测序技术应用研究: 验证Xdrop®/Nanopore技术在多倍体作物T-DNA特征分析中的有效性
- 植物生物技术研究: 支持抗晚疫病转基因马铃薯的分子机制及遗传稳定性研究
