数据集概述
本数据集基于线虫Pristionchus pacificus的链特异性RNA-seq文库测序结果,包含1112个反义转录结构配置信息,核心为465个嵌入宿主基因内含子的反义转录本(ASTs)。同时涵盖20种线虫基因组反义基因对的进化分析数据,涉及vps-4、ddx-27等保守基因座的结构变化研究。
文件详解
- 2016-08-01_data_dyad.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包内包含线虫反义转录研究相关的序列、比对结果及进化树数据,具体包括蛋白质编码基因同源序列(.fa格式)、多序列比对文件(*_alignment.fa格式)等核心实验数据
- README_for_2016-08-01_data_dyad.zip.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:数据集说明文档,包含数据来源背景、文件内容概述、数据生成方法(如使用exonerate软件进行序列比对的流程)等信息
数据来源
论文“First insights into the nature and evolution of antisense transcription in nematodes”(BMC Evolutionary Biology, 2016)
适用场景
- 线虫反义转录组学研究:分析Pristionchus pacificus基因组范围内反义转录本的分布特征与结构类型
- 基因表达调控机制分析:探究反义转录本与宿主基因的表达相关性及潜在调控功能
- 线虫进化生物学研究:基于20种线虫基因组数据,分析反义基因对的谱系特异性及保守基因座的结构进化规律
- 非编码RNA功能验证:验证反义转录本是否为非编码RNA,及其对宿主基因表达的调控作用