数据集概述
本数据集聚焦葡萄科Cyphostemma属物种，包含其系统发育关系、生物地理历史、形态进化及分化速率的研究数据。通过核基因与叶绿体标记重建进化关系，结合蒙特卡洛模拟分析扩散、生境变化与形态创新的关联，揭示该属约200种物种的生长习性多样性机制，共含10个相关分析文件。
文件详解
- 文档类文件（.txt格式，6个）
README.txt：数据集概述与分析说明文档RAxML_CyphostemmaAndOutgroup_Partitions.txt：RAxML分析的DNA分区信息，含3个DNA分区的碱基范围定义RAxML_CyphostemmaAndOutgroup_MLPhylogeny.phy.txt：最大似然法构建的系统发育树数据Additional_SampleLabelTranslations.txt：样本标签翻译对照表Mesquite_CyphostemmaMorphology_AncestralCharacterStateReconstructions.nex.txt：形态特征祖先状态重建的NEXUS格式数据MrBayes_CyphostemmaAndOutgroup_BayesianPhylogeny.nex.txt：贝叶斯法构建系统发育树的NEXUS格式输入文件- 代码类文件（.py格式，2个）
Lagrange_Cyphostemma_DEC_wConstraints.py：带约束条件的DEC生物地理分析脚本Lagrange_Cyphostemma_DEC_noConstraints.py：无约束条件的DEC生物地理分析脚本- 数据类文件（.xml格式，2个）
BEAST_3Partition_NormalPriors_DivergenceTimeEstimation.xml：3分区、正态先验的分化时间估算BEAST输入文件BEAST_5Partition_ExpPriors_DivergenceTimeEstimation.xml：5分区、指数先验的分化时间估算BEAST输入文件
数据来源
论文“Dispersal is associated with morphological innovation, but not increased diversification, in Cyphostemma (Vitaceae)”
适用场景
- 植物系统发育研究：利用RAxML、MrBayes输出文件分析Cyphostemma属物种的进化关系
- 生物地理历史重建：通过Lagrange脚本与BEAST分化时间数据，探究该属物种的扩散路径与时间节点
- 形态进化分析：基于Mesquite文件中的形态特征数据，研究生长习性等形态创新的进化机制
- 分化速率与环境关联研究：结合扩散事件与形态特征数据，分析物种分化速率与生境适应性的关系
