数据集概述
本数据集围绕新芽孢杆菌(Neobacillus vireti)的II型SMC Wadjet复合体结构展开,包含其重构模型、AlphaFold预测模型及相关实验图表。旨在揭示该类原核免疫复合物的独特结构特征,为理解Wadjet系统演化及功能提供数据支持。
文件详解
该数据集由多个目录和文件组成,具体说明如下:
- 核心结构重构文件(位于 Wadjet_reconstructions/ 目录下):
- ecJetABC_resting_state_reconstruction.pdb:静息态复合体结构重构文件,PDB格式
- ecJetABCD_cleavage_state_reconstruction.pdb:切割态复合体结构重构文件,PDB格式
- README_reconstructions.txt:重构说明文档,包含模型构建方法及用途说明
- 实验图表文件(位于 Figure_4/、Figure_S1/、Figure_S7/、Figure_S8/ 目录下):
- 以.png、.tif、.pzfx为后缀的图表文件,如 Figure_4A_top.png、Figure_S1A.tif、Figure_S7D_ii.pzfx,记录实验结果可视化内容
- AlphaFold模型文件(位于 Alphafold_models/ 各子目录下):
- 以.pdb、.json、.cif为后缀的模型文件,如 AF2_ecJetD_dimer/rank_1_model_3_ptm_seed_0_unrelaxed.pdb、AF3_nvJetD_dimer_Fig_FigS6/fold_bvjetd_model_0.cif
- 包含预测模型结构、预测误差数据等辅助文件
适用场景
- 分子生物学研究:分析II型SMC Wadjet复合体的结构特征及功能机制
- 蛋白质结构预测验证:对比AlphaFold模型与实验重构结构的一致性
- 原核免疫机制研究:探究Wadjet系统在质粒限制中的作用模式
- 生物大分子演化分析:通过结构比较揭示SMC复合体家族的演化关系
- 科学可视化支持:为学术论文或报告提供结构模型及实验图表素材