数据集概述
本数据集围绕剑尾鱼（Xiphophorus）的系统发育网络与性状进化展开，包含系统发育树文件、形态学数据、遗传距离数据及分析代码与报告，支持基于网状进化模型的系统发育比较方法研究，验证杂交等网状事件对性状分布的影响。
文件详解
- 系统发育树文件（.tre格式，共4个）：
- xiphophorus_snaq_h0.tre、xiphophorus_snaq_h1.tre、xiphophorus_snaq_h3.tre：不同杂交事件数量（h0/h1/h3）的系统发育网络树
- xiphophorus_networks_calibrated.tre：校准后的系统发育网络树
- 数据文件（.csv格式，共2个）：
- xiphophorus_morphology_Cui_etal_2013.csv：形态学数据，字段包括tipNames（物种名）、sword_index（剑突指数）、preference（偏好值）
- xiphophorus_genetree_pairwiseDistances.csv：遗传距离数据，包含多个物种间的成对遗传距离
- 分析代码（.ipynb格式，共2个）：
- xiphophorus_networks_calibration.ipynb：系统发育网络校准分析代码
- xiphophorus_PCM_analysis.ipynb：系统发育比较方法分析代码
- 分析报告（.html格式，共2个）：
- xiphophorus_networks_calibration.html：系统发育网络校准报告
- xiphophorus_PCM_analysis.html：系统发育比较方法分析报告
适用场景
- 进化生物学研究：分析网状进化事件（如杂交）对鱼类性状（如剑突指数）的影响
- 系统发育方法验证：测试基于网状进化模型的系统发育比较方法（PCM）性能
- 性状进化机制探究：研究杂交优势、杂交衰退等越亲进化现象的遗传基础
- 鱼类形态学与遗传学关联分析：结合形态数据与遗传距离数据，解析性状进化的驱动因素
