数据集概述
本数据集是Zenodo上用于论文“A TCR β chain-directed antibody-fusion molecule that activates and expands subsets of T cells and promotes antitumor activity”的单细胞RNA测序分析资源，包含分析代码、差异基因表达结果、热图基因列表等文件，支持复现论文中的单细胞测序分析图表，涉及EMT6肿瘤模型中CD4+和CD8+肿瘤浸润淋巴细胞的基因表达分析。
文件详解
- 代码文件
- 文件名称：marengo_code_for_paper_jan_2023.R、Install_Packages.R、scRNASeq_mouse_dataset.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：marengo_code_for_paper_jan_2023.R包含生成论文图表的分析代码；Install_Packages.R用于安装Seurat、scReportoire等所需R包；scRNASeq_mouse_dataset.R为辅助分析脚本。
- 数据文件
- 文件名称：all_res_deg_for_heat_updated_march2023.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含差异基因表达（DGE）分析的未过滤结果，字段有.id、p_val、avg_log2FC、pct.1、pct.2、p_val_adj、Gene、Significant、Direction等，用于生成热图和火山图。
- 文档文件
- 文件名称：genes_for_heatmap_fig5F.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含论文图5F热图中使用的基因列表。
数据来源
Zenodo存储库（关联论文“A TCR β chain-directed antibody-fusion molecule that activates and expands subsets of T cells and promotes antitumor activity”）
适用场景
- 肿瘤免疫研究：分析EMT6肿瘤模型中CD4+和CD8+肿瘤浸润淋巴细胞的基因表达特征。
- 单细胞RNA测序数据分析：复现论文中的差异基因表达分析、热图及火山图等可视化结果。
- 抗体融合分子功能研究：探究TCR β链定向抗体融合分子对T细胞亚群激活与扩增的影响。
- 生物信息学方法应用：学习Seurat等R包在单细胞测序数据处理中的实践应用。
