数据集概述
本数据集围绕智利阿塔卡马沙漠特有植物Tillandsia landbeckii的进化时间线展开,包含基于全质体DNA序列数据的系统发育分析文件,涉及物种分化时间及与近缘种的遗传接触研究。
文件详解
- partitions_for_raxml.txt:TXT格式,包含RAxML软件使用的分区信息,定义不同基因片段的进化模型(如TVM+G、K81UF+I+G等)及对应序列位置范围
- Barcode_phylogeny_Tillandsiodes_raxml_support.tre:TRE格式,基于条形码数据构建的Tillandsiodes类群系统发育树,带有支持度信息
- Concat_seqData_TillMixed_T.usAndAnanas.phy:PHY格式,Tillandsia混合类群与Ananas属的 concatenated 序列数据文件
- Concat_seqData_TillMixed_T.usAndAnanas.phy.raxml.support:SUPPORT格式,上述PHY文件经RAxML分析后的支持度结果文件
- Gene_list.xlsx:XLSX格式,基因列表文件,可能包含分析涉及的基因信息
- Suppl_Fig_1.pdf:PDF格式,补充图1,可能为研究相关的图表
- treeannotator_100M_newRoot3.nex:NEX格式,TreeAnnotator软件处理的树文件,用于时间树构建
适用场景
- 植物系统发育研究:分析Tillandsia属物种的亲缘关系与进化历史
- 沙漠植物适应性进化研究:探究极端干旱环境下植物的进化适应机制
- 遗传分化时间估算:基于质体基因组数据推断物种分化的关键时间节点
- 植物分类学研究:辅助Tillandsia属近缘物种的分类修订
- 生物地理学分析:结合地理背景探讨阿塔卡马沙漠植物区系的演化过程