数据集概述
本数据集为三刺鱼湖河栖息地免疫组织转录组分析数据，包含四地野生三刺鱼的头肾、脾脏组织转录组文库，涉及基因表达计数、差异表达分析及功能富集结果，用于探究湖河栖息地寄生虫压力下的基因表达差异，共6个文件。
文件详解
- README文件
- 文件名称：README_for_count_htseq.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含样本标签说明，字段有Label（样本标签）、Tissue（组织类型：HK为头肾、SP为脾脏）、Habitat（栖息地：L为湖、R为河）、Location（地理位点）、Population（种群）、Sex（性别）等
- 基因表达计数文件
- 文件名称：count_htseq.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含各样本的基因表达计数数据，样本列名对应README中的Label（如EI01HK、EI01SP等）
- 差异表达分析结果文件
- 文件名称：edgeR_results_sp.txt、edgeR_results_hk.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：分别为脾脏（SP）、头肾（HK）组织的edgeR差异表达分析结果，包含基因差异表达相关统计数据
- 功能富集分析结果文件
- 文件名称：topGO_sp.xlsx、topGO_hk.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：分别为脾脏（SP）、头肾（HK）组织差异表达基因的topGO功能富集分析结果
数据来源
Transcriptome profiling of immune tissues reveals habitat-specific gene expression between lake and river sticklebacks
适用场景
- 鱼类生态适应机制研究: 分析湖河栖息地三刺鱼免疫组织的基因表达差异，探究寄生虫压力下的适应性进化
- 免疫相关基因功能研究: 基于差异表达及富集结果，筛选免疫相关关键基因并分析其功能
- 转录组数据分析方法应用: 用于验证转录组计数、差异分析及功能富集的分析流程
- 环境压力与基因表达关联研究: 探究栖息地寄生虫压力与鱼类免疫基因表达的关联模式
