数据集概述
本数据集包含美国怀俄明州风河山脉高山湖泊中鳟鱼取食形态（如鳃耙特征）、遗传数据、湖泊环境变量及相关分析脚本，用于验证鳟鱼因捕食驱动的浮游动物群落变化而快速适应的生态进化过程。
文件详解
该数据集包含数据文件、分析脚本、文档等多种类型文件，具体说明如下：
- 数据文件：
- 形态数据文件：HS2020_GillRakers.xlsx、WR2020_GillRakers.xlsx、WR_DietData.xlsx等（.xlsx格式），记录鳃耙形态测量值、食性数据
- 遗传数据文件：forPCACUT_all_miss0.5_maf0.03.recode.vcf.zip、MS1.GRM、MS2.GRM等（.zip、.GRM格式），包含基因型数据、遗传相关矩阵
- 元数据与环境数据文件：forTreeCUTwGDT.metadata.csv、WR_LakeGeometry.kmz、lake_shapefiles_for_NDVI.txt等（.csv、.kmz、.txt格式），记录样本元数据、湖泊地理坐标、NDVI分析用形状文件
- 汇总数据文件：WR_alldata.csv、WR_GRData_corrected.combined.csv等（.csv格式），整合多源数据的综合数据集
- 分析结果文件：FST_bootstraps_plot.pdf、RAxML_bipartitions.forTreeCUTwGDT等（.pdf、文本格式），包含遗传分化分析结果、系统发育树
- 分析脚本：
- R语言脚本：combine_dataframes.R、prepare_phylogenetic_tree.R、calculate_diet_summary.R等（.R格式，共13个），用于数据整合、系统发育树构建、食性分析
- Python脚本：calculate_NDVI.py（.py格式），用于计算归一化植被指数
- Shell脚本：run_raxml.sh（.sh格式），用于运行系统发育分析工具RAxML
- 文档文件：
- README.md（.md格式）：数据集说明文档，包含作者、数据用途及关联出版物信息
- variables_key.rtf（.rtf格式）：变量说明文档，解释数据集关键变量定义
适用场景
- 进化生物学研究：分析鳟鱼形态特征对环境变化的快速适应机制
- 生态相互作用研究：探究捕食者（鳟鱼）与猎物（浮游动物）间的生态进化反馈
- 种群遗传学研究：基于基因型数据解析鳟鱼种群结构与遗传多样性
- 生物地理学研究：结合湖泊地理数据分析环境因子对生物适应性的影响
- 生态数据分析方法验证：利用脚本复现形态-环境关联分析、系统发育分析流程
