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系统发育比较方法再思考数据集
2025年12月15日 30 25 8
数据集概述 本数据集围绕“系统发育比较方法（PCMs）”展开，通过三个案例研究，探讨现有PCMs易受单一进化事件影响的问题，提出将假设检验与数据驱动方法结合的解决方案，并建议将系统发育视为概率图形模型以优化推断。 文件详解 该数据集包含一个PDF格式的文档文件，具体说明如下： - 文件名称: pnh-ms_supplement.pdf - 文件格式:...
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系统发育模式中的微进化过程特征数据集
2025年12月12日 30 94 19
数据集概述 该数据集围绕系统发育树中的微进化过程特征展开，通过空间显式模型模拟同域与邻域物种形成，分析系统发育树的结构属性（如树平衡度、多样化速度）与物种形成过程的关联，验证模型预测与实证数据的一致性，为理解进化辐射的多样化模式提供数据支持。 文件详解...
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系统发育模型与异质替代率测试数据集
2025年12月23日 30 116 80
数据集概述 该数据集包含用于测试系统发育模型层级的代码与数据，聚焦于解决DNA替代过程随进化历史变化时标准马尔可夫模型的数学不一致问题，对比Lie Markov模型与GTR模型的性能表现。 文件详解 文档类文件： README.txt：TXT格式，说明数据集包含的代码、数据及论文关联信息，提及软件为研究用途开发...
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系统发育树间物种形成与灭绝速率比较数据集
2025年12月7日 30 159 125
数据集概述 该数据集围绕系统发育树间物种形成与灭绝速率比较展开，介绍了一种简单似然法模型，用于检验不同进化树间多样化速率差异，验证其误差水平接近名义水平且参数估计无偏，适用于关系未知的进化树对比研究。 文件详解 文件名称：Revell-2018-Ecology_and_Evolution.html 文件格式：HTML...
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系统发育树补充数据集
2025年11月28日 30 106 49
数据集概述 本数据集为系统发育树相关的补充数据，包含1个PDF格式的文档文件，未进行训练/测试集或原始/处理数据的划分，但包含数据与标签的分离结构，为系统发育树研究提供辅助文档支持。 文件详解 文件名称：supplementary.pdf 文件格式：PDF（.pdf）...
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系统发育树祖先特征变化预测研究数据集
2025年12月4日 30 117 48
数据集概述 本数据集围绕系统发育树中祖先特征变化预测展开，对比祖先根状态与内部节点状态的预测难度，通过信息理论分析与计算机模拟验证相关方法在高替换率下的可行性及鲁棒性，为该领域研究提供支持。 文件详解 文件名称: README_for_Archive.zip 文件格式: ZIP (.zip) 内容说明:...
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系统发育树概率距离数据集
2025年12月11日 30 77 61
数据集概述 该数据集围绕系统发育树间的概率距离展开，提出基于遗传序列数据概率分布的距离度量方法，介绍蒙特卡洛抽样计算流程，可纳入替换模型参数并处理不同分类群树，通过多维尺度分析与现有距离对比。 文件详解 文件名称: appendix.pdf 文件格式: PDF 内容: 可能包含研究的补充说明、技术细节、图表或计算过程等附录信息 文件名称:...
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系统发育树形状与柯西相型分布时间模型数据集
2025年12月12日 30 109 7
数据集概述 本数据集围绕系统发育树形状与物种形成/灭绝时间的柯西相型分布模型展开，包含理论模型推导、统计方法扩展及实证分析数据，为检验柯西相型分布模型对真实系统发育树的拟合效果提供支持。 文件详解 说明文档: README.pdf: PDF格式，可能包含数据集的详细说明、使用方法及理论背景 README.docx:...
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系统发育树及关联数据共享与复用分析数据集
2025年12月22日 30 123 50
数据集概述 本数据集围绕系统发育树及关联数据的共享与复用实践展开分析，涵盖当前归档频率、复用案例、技术障碍等核心内容，为推动相关数据的标准化与公共归档提供研究基础。 文件详解 文档说明文件（.txt格式，共6个）： README.txt：数据集整体说明文档，介绍补充数据包内容...
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系统发育树中最小化到最近叶平均距离数据集
2025年12月9日 30 71 5
数据集概述 该数据集为“系统发育树中最小化到最近叶平均距离（ADCL）”研究提供支持，包含验证ADCL算法在嵌合序列等场景下行为的实验数据，涉及参考序列包、多序列比对、系统发育放置结果及嵌合序列标识等核心内容，助力相关算法性能评估与验证。 文件详解 该数据集包含多种格式的文件，具体说明如下： - 文档说明文件（.txt格式）： -...
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系统发育性状数据归一化拉普拉斯谱特征化与比较数据集
2025年12月15日 30 201 34
数据集概述 本数据集基于归一化图拉普拉斯构建系统发育性状数据的谱密度剖面，提供非参数分析框架，用于特征化和比较表型进化模式。包含4个PDF文件，通过模拟数据验证并应用于唐纳雀性状及新世界猴子颅内标记两个实证数据集，支持生物多样性研究。 文件详解...
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系统发育学透明度协议数据集
2025年12月20日 30 125 98
数据集概述 本数据集围绕系统发育学领域的透明度协议展开，旨在通过预先规划和记录分析流程，提升研究的可重复性与透明度。包含多个附录文件，为推动系统发育学透明研究实践提供参考工具与讨论基础。 文件详解 文件名称：Appendix_2.md，文件格式：Markdown，可能包含协议模板说明或案例补充内容...
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系统发育学进展评估的连续刀切函数分析数据集
2025年12月7日 30 1 0
数据集概述 该数据集包含用于评估系统发育学进展的连续刀切函数（CJF）分析相关数据。CJF是一种图形化方法，通过移除特征并分析简化矩阵，衡量数据与参考树的一致性，以判断系统发育假设的稳定性和渐近精确性。 文件详解 文件名称: Miller_ap1.htm 文件格式: HTML (.htm) 文件内容:...
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系统发育学中概率图形模型表示数据集
2025年12月16日 30 207 128
数据集概述 本数据集围绕系统发育学中的概率图形模型表示展开，通过引入树板等新组件，扩展标准图形模型框架以适配系统发育树结构，提供模型表示案例与配套数据，助力系统发育模型的教学、交流及通用软件开发。 文件详解 数据文件: baculumData01.nex: NEX格式文件，可能为系统发育分析的原始数据文件 mammalia_dosReis.tree:...
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系统发育多样性损失与随机树模型数据集
2025年12月23日 30 165 60
数据集概述 本数据集围绕系统发育多样性（PD）损失展开研究，通过三参数随机树模型分析拓扑结构、分支深度与灭绝风险对PD损失的影响，提出"危险区"参数范围及蒙特卡洛推断算法，并应用于鸟类支系数据验证。 文件详解 代码文件（.r格式）： InferenceFunctions.R：包含用于推断模型参数（β、α、η）的蒙特卡洛算法代码...
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系统发育基因组学测序方案计算机模拟比较数据集
2025年12月23日 30 118 4
数据集概述 本数据集基于23种灵长类动物基因组，对四种常用系统发育基因组学测序方案（UCE捕获、外显子捕获、RADseq、ddRADseq）进行计算机模拟比较，涵盖系统发育分辨率与分歧时间估算结果，为方案选择提供参考。 文件详解 文件名称: README_for_beast.tar.pdf 文件格式: PDF 内容说明:...
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系统发育基因组分析中替代异质性处理模拟研究数据集
2025年12月15日 30 125 31
数据集概述 本数据集围绕系统发育基因组学中替代异质性处理方法展开，通过模拟氨基酸序列数据对比CAT模型（CAT-F81、CAT-GTR）与数据分区策略的性能差异，分析不同模型对系统发育树推断准确性的影响，为相关研究提供数据支持。 文件详解 压缩文件: NexusFiles_PartitionFiles_ProgramCommands.zip:...
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系统发育因子分析数据集
2025年12月24日 30 143 93
数据集概述 本数据集围绕系统发育因子分析（PFA）方法构建，包含用于验证该方法的多物种性状数据文件及补充材料，覆盖耧斗菜花朵发育、花鳉科繁殖转变、扳机鱼鳍形态测量等进化研究场景，支持高维性状与系统发育关系的分析。 文件详解 数据文件（.xml格式，共26个）：...
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系统发育回归模型违规影响模拟实验结果补充材料
2025年12月5日 30 50 14
数据集概述 本数据集为“稳健系统发育回归”相关研究的补充材料，包含模拟实验结果，旨在探究系统发育回归在模型违规（如不匹配树）情况下的影响，为改进系统发育比较方法（PCMs）提供数据支持。 文件详解 文件名称: README.md：Markdown格式文件，包含补充材料概述、模拟实验及系统发育案例研究结果说明，提供数据来源DOI链接。 文件名称:...
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系统发育动力学模型适用性评估数据集
2025年12月11日 30 166 68
数据集概述 该数据集围绕系统发育动力学模型适用性评估展开，包含相关研究的补充图表、表格及文本文件，用于支持对埃博拉和H1N1流感病毒爆发系统发育树的模型适用性分析，为验证不同模型对病毒数据的描述能力提供资料。 文件详解 PDF文件（共2个）： FigS1.pdf：可能包含研究中的关键图表（如系统发育树、模型拟合结果图）...
