数据集概述
本数据集聚焦加勒比岛屿特有Accipiter鹰类的系统进化与保护研究，包含38个样本的超保守元件（UCEs）、线粒体基因组序列及单核苷酸多态性（SNPs）相关分析文件，用于探究加勒比种群与大陆种群的亲缘关系、遗传分化及物种界定，支持该类群的保护评估。
文件详解
- 序列与比对文件
- 文件名称：Catanachetal2021_UCE.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：经质量评估和修剪后的最终UCE序列比对文件
- 文件名称：Catanachetal2021_partitioned_mt.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：带分区信息的最终线粒体序列比对文件
- 分析配置文件
- 文件名称：Catanachetal2021_UCE_partition.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：与UCE序列比对文件对应的分区信息文件
- 文件名称：SNAPP_grouped_by_taxon.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：按分类单元编码样本的SNAPP分析配置文件
- 文件名称：SNAPP_grouped_by_forest.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：按森林片段编码样本的SNAPP分析配置文件
- sNMF分析相关文件
- 文件名称：sNMF_characters.lfmm
- 文件格式：LFMM
- 字段映射介绍：sNMF分析使用的字符数据文件
- 文件名称：sNMF_r_code.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含vcfR、adegenet、LEA等R包调用代码的sNMF分析脚本
- 文件名称：sNMF_taxon_list.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：sNMF分析使用的分类单元列表文件
- 说明文件
- 文件名称：readme.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集说明文档
适用场景
- 鸟类系统进化研究：分析加勒比Accipiter鹰类与大陆种群的遗传分化及亲缘关系
- 物种界定评估：基于核基因与线粒体基因的 reciprocal monophyly 证据支持物种级分类单元的界定
- 保护遗传学分析：通过种群遗传结构（如sNMF结果）评估加勒比特有鹰类的保护优先级
- 分子生态学研究：探究岛屿种群的基因流、遗传多样性及适应性进化特征
