数据集概述
本数据集围绕大型双链DNA病毒基因组结构变异展开研究，通过短读长（Illumina）和长读长（PacBio）测序技术分析AcMNPV病毒基因组，识别出1141个结构变异（SVs）及1757个转座元件插入，并扩展验证了虹彩病毒和疱疹病毒的SV特征，揭示了SV在病毒种群中的动态演化规律。
文件详解
- 基因组序列与注释文件
- 文件名称：AcMNPV_genome.csv、IIV31_genome.csv、HCMV_genome.csv、IIV6_genome.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含Gene Name（基因名称）、Product（产物）、Function（功能）、Start/Stop（起始/终止位置）、Size（长度）、Genetype（基因类型）等病毒基因组注释信息
- 文件名称：AcMNPV_genome.fas、IIV31_genome.fas、HCMV_genome.fas、IIV6_genome.fas
- 文件格式：FAS
- 字段映射介绍：病毒基因组序列文件
- 补充表格文件
- 文件名称：Supplementary_Table_S1.xlsx、Suppplementary_Table_S2.docx、Supplementary_Table_S3.docx、Suppplementary_Table_S4.xlsx、Suppplementary_Table_S5.xlsx、Suppplementary_Table_S6.xlsx
- 文件格式：XLSX、DOCX
- 字段映射介绍：研究相关的补充表格数据，包含结构变异统计、转座元件分析等结果
- 分析脚本文件
- 文件名称：SV_detection_script_in_short_and_long_reads.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：用于检测短读长和长读长数据中结构变异的分析脚本
- 补充图表文件
- 文件名称：Supplementary_Figures_09_09.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：研究相关的补充图表资料
数据来源
论文“Wide spectrum and high frequency of genomic structural variation, including transposable elements, in large double stranded DNA viruses”
适用场景
- 病毒基因组演化研究：分析结构变异在病毒种群中的分布频率与动态变化规律
- 转座元件功能研究：探究转座元件在病毒基因组中的插入特征及水平转移机制
- 病毒分子生物学分析：通过基因组注释数据研究病毒基因功能与结构关联
- 病毒种群遗传学研究：验证不同类型双链DNA病毒（杆状病毒、虹彩病毒、疱疹病毒）的结构变异共性特征
- 基因组变异检测方法优化：基于短读长与长读长联合分析的结构变异检测流程应用与改进
