数据集概述
本数据集包含2015-16年意大利南极考察采集的南极隐生石内群落细菌宏基因组组装基因组（MAGs）及注释数据，涵盖高质量/中等质量MAGs、元数据、编码序列、功能注释、代表性基因组、序列比对及样本信息等8个文件，用于南极极端环境微生物研究。
文件详解
- MAGs.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容：高质量（HQ）和中等质量（MQ）的细菌宏基因组组装基因组
- MAGs_metadata.csv
- 文件格式：CSV
- 字段：包含MAG编号、完整性、污染率、长度、N50、GTDB分类等元数据
- MAGs_HQ_CDS.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容：每个高质量MAG的翻译编码序列
- MAGs_HQ_Annotation.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容：包含EggNOG注释文件（最终注释、HMM比对结果、种子同源基因）
- Jiangella_Antarctica.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容：南极姜氏菌代表性基因组及核糖体RNA基因序列
- Order_MSA.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容：基于120个GTDB细菌标记基因的蛋白质多序列比对
- Samples_accession.csv
- 文件格式：CSV
- 字段：NCBI SRA编号、BioProject编号、JGI ID、N50值等样本 deposition信息
- Samples_metadata.csv
- 文件格式：CSV
- 字段：地理坐标、温度、相对湿度、采样日期等样本环境元数据
数据来源
XXXI（2015-16）意大利南极考察
适用场景
- 极端环境微生物基因组研究: 分析南极石内细菌的基因组特征与适应性机制
- 微生物分类与系统发育分析: 利用GTDB分类和多序列比对数据构建系统发育树
- 功能基因注释与代谢通路分析: 通过EggNOG注释探索细菌的功能潜力
- 环境因子关联研究: 结合样本元数据分析微生物群落与环境参数的关系
- 生物信息学方法验证: 评估宏基因组组装与注释流程在极端环境样本中的应用效果
